【摘 要】
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目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子.方法:从TCGA数据库
【机 构】
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兰州大学 第二医院 肿瘤中心,甘肃 兰州,730030
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目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子.方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过“Perl”语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵.通过“Edge R”包提取3种RNA的差异表达基因(differential expression genes,DGEs),其阈值为|log FC|>2.0且P<0.01.通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异mRNA关系对,导入至Cytoscape软件构建ceRNA调控网络图.整理3种DGEs相关的生存数据,通过“Survival”包及Kaplan-Meier Plotter分析软件进行生存分析,绘制DGEs的生存曲线,分析获取预后相关基因.结果:成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络,通过该网络分析DGEs间的相互作用和调控关系,获取3条lncRNA-miRNA-mRNA调控关系对,其中1条调控通路(CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2)符合ceRNA理论.预后分析显示,14个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组,可作为HCC不良预后的生物标志物;1个lncRNA(TSPEAR-AS1)和2个mRNA(CPEB3和PROK2)低表达组患者生存率低于高表达组(P<0.05或P<0.01),可能是HCC的保护性基因.结论:通过HCC lncRNA相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14个mRNA可能为HCC不良预后相关分子,低表达的1个lncRNA和2个mRNA可能为HCC良好预后相关分子,研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据.
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