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2003年6月1—15日和同年10月20—31日三峡水库进行了初期蓄水。6月份水库蓄水后使下游大通流量减少了37％，长江口的淡水资源的持续时数降低了40％，最大盐度增加了3倍，平均盐度增加了6倍；10月份水库蓄水使大通流量减少了1／2，淡水资源的持续时间呈现下降趋势，最大盐度增加了3倍左右，平均盐度也有类似的表现。再从流量的沿程变化、流量的变化程度、影响河口淡水的持续时间、河口淡水资源影响因子方面进行了讨论，认为三峡蓄水是这两次河口淡水资源减少的主要原因。