建立完善的自然保护区是我国维护国家环境安全、生态平衡、保护物种多样性的重要措施和手段。自改革开放以来，我国自然保护区的数量猛增，在数量、分布、分类等方面，已基本满足了保障国家生态平衡的要求。
　　资源的日益开发和资源保护的双重矛盾夹击之下，我国过半的自然保护区只能对资源开发采取看护态度，而不能采取高效的管理措施。各个旅游管理单位并没有将自然保护区的管理规划与政府的管理规划相结合，使得规划与管理之间的矛盾被日益放大，两者之间的冲突非常明显。一般情况下，都是自然保护区做出妥协。
　　作为自然保护区建设和管理的基础，资源调查由资源本底（自然）、资源调查（社会）、威胁因素调查（保护区）三个层面组成。保护区应在建设之初成立专家委员会制定具体的考察程序，另外组成评审小组，以避免出现专家判断的主观性和片面性。我们应分析人类在自然保护区内的行为和活动对于动植物的分区、繁衍、迁徙等生理活动的影响，及人为活动对动植物扩散、交配等行为的影响。环境影响评估主要是利用生态化原理对我国的自然保护区进行研究和调查。不同类型的自然保护区应根据专家委员会的建议制定不同的环境评估体系，因地制宜，并对保护区的工作人员加强管理和培训。只有完善全面评估环境资源，才能采取合理的管理措施。
　　自然保护区内有着丰富的自然景观和独特的自然资源及地质景观，使其成为重要的旅游地点，但生态旅游对我国自然保护区的影响是巨大的。虽然许多旅游开发区都建设了“生態旅游”基地，但大多是“空头支票”，资源掠夺及保护意识的匮乏，旅游业对保护区造成了难以修复的损害。科学周密的生态设计与保护，加强生态旅游科学知识的推广及旅游管理人员的培训，提高自然保护区居民的环保意识。