磁珠法与柱提取法检测丙肝病毒基因的比较性研究

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  【中图分类号】R512.63【文献标识码】A【文章编号】1632-5281(2015)4
  摘要:目的 通过两种检测方法的比较,证实磁珠法无论在操作简便还是在灵敏度上是否优于柱提取法。方法 同一批标本同时进行磁珠法和柱提取法的检测,然后将检测结果按扩增曲线的循环数多少进行比较。结果 实验证实,磁珠法简便快捷,扩增曲线比柱提取法提前抬升3.652个循环;由于没有与磁珠法配套的扩增试剂,使用磁珠法提取,然后用柱提取法全套试剂扩增,无疑增加了检验成本。讨论:为了快出结果,提高检测灵敏度,建议使用磁珠法替代柱提取法进行核酸提取,同时尽快开发与磁珠法配套的核酸扩增试剂盒。
  关键词: 磁珠法 柱提取法 循环数
  磁珠法是最近几年在临床开展的一种快速提取核酸的新方法,与传统经典的柱提取法相比,操作简单,自动化程度高。我们对232例丙肝患者血液標本分别用磁珠法和柱提取法进行核酸提取,最后使用柱提取法扩增试剂按其提供的扩增程序说明书进行扩增。然后对两种方法的检测结果进行了比较。
  1、材料与方法
  1.1材料
  1.1.1 标本来源
  2014年5~7月本院住院及门诊送检丙肝基因检测血标本232例。及时分离血清,-20℃冷冻保存。
  1.1.2 试剂与仪器
  PCR扩增试剂(柱提取法)由上海科华生物科技有限公司提供。SLAN实时荧光基因扩增仪由上海宏石公司生产。H1650型高速离心机由湖南湘仪离心机厂生产。由西安天隆科技有限公司生产的NP968型核酸提取仪及其配套核酸提取试剂盒。严格按试剂操作说明书进行检测。
  1.2 检测
  将232例冷冻血清取出,室温融化、混匀。每一份标本分别取200ul血清按柱提取法和磁珠法说明书同时进行处理。
  1.3方法
  1.3.1磁珠法
  于0.5ml离心管中分别加入20ul去抑制剂、100ul裂解液、100ul标准血清,震荡混匀,70℃加热10min,离心数秒,再加入无水乙醇110ul,振荡混匀,12000转/15分。小心吸取上清液,移入新的离心管中向上清中加入30ul的磁珠R(用之前充分混匀)和等体积的70%的乙醇,上下颠倒离心管充分混匀后,在15~30℃下静置5分钟。用磁铁架收集磁珠,去除残液。 加入1ml的RPB(乙醇稀释过的)溶液重悬磁珠,室温放置1分钟。用磁铁架收集磁珠,去除残液。 室温晾干5分钟,充分去除酒精残留。加入100-200ul 的洗脱液,移液器充分吸打40次重悬磁珠。室温放置5分钟,期间充分震荡混匀一次。 用磁铁架收集磁珠。 将包含RNA的溶液转移至新的干净的试管中。
  1.3.2 柱提取法
  于0.5ml离心管中分别加入20ul去抑制剂、100ul裂解液、100ul标准血清,震荡混匀,70℃加热10min,离心数秒,再加入无水乙醇110ul,振荡混匀,转移到核酸提取柱中。将核酸提取柱放入2ml离心管中N转/分离心1min,;再向提取柱中加入500ul洗涤液A,N转/分离心1min;再加入洗涤液B, N转/分离心1min。(N转分别为3000、5000、8000、10000、12000转)
  将核酸提取柱放入2ml新离心管中,14000转离心1min。将核酸提取柱再放入新的2ml离心管中加入50uL洗脱液,静置1min,10000转离心1min,取2ml离心管中液体上机扩增。
  将两种方法提取的核酸上清液,按柱提取法扩增程序进行扩增。检测结果以柱提取法结果< 5.0*102IU /ml、5.0*102 ~9.9*103 IU /ml、1.0*104 ~9.9*104 IU /ml、1.0*105 ~9.9*105 IU /ml、1.0*106 ~9.9*106 IU /ml、>1.0*107 IU /ml分六组按循环数cycle多少进行比较。
  2 结果
  从两种方法不同浓度标本扩增曲线抬升的循环数大小可以看出,磁珠法的扩增曲线比柱提取法提前抬升的平均循环数为3.652,折合IU /ml大约101次方,但在不同数量级浓度上有差别。低浓度标本(5.0*102~9.9*103 IU /ml组 以及<5.0*102 IU /ml组)扩增效率提高不明显,尤其在<5.0*102 IU /ml组,出现了部分标本磁珠法的循环数甚至高于柱提取法的现象。在中、高浓度组,磁珠法比柱提取法提升循环数都在3个循环以上,没有出现磁珠法循环数高于柱提取法的问题。如表:
  3 讨论
  从随机标本不同浓度的检出例数可以看出,HCV-RNA<5.0*102 IU /ml组占所有标本的30%,其中扩增曲线抬头的阴性标本较多。可见,只要提高了检测灵敏度,就可以发现假阴性标本,有力的支持临床对丙型肝炎的诊断。已经在临床上发现了低病毒载量复制的丙型肝炎患者。已有文献证实磁珠法能提高检测灵敏度,我们从试验中也证实了这一点[1] [2]。只是<5.0*102 IU /ml的标本会出现检测结果不稳定的现象,甚至会出现磁珠法循环数高于柱提取法的现象,具体原因还有待进一步研究。
  对中、高浓度组所有标本的循环数都比柱提取法减少3个循环以上,大约提高浓度101IU /ml。因此,建议在丙肝基因检测报告单上要标明提取和检测方法。因为不同的检测方法,其检测结果有差异。尤其对抗病毒治疗的患者一定要用同一种检测方法进行动态观测,否则会引起对结果变化的错误判断[3] [4]。
  目前,磁珠法核酸提取都是在废弃原有柱提取法提取试剂的基础上,改用磁珠法提取试剂+柱提取法扩增试剂来进行检测的,无疑增加了检测成本。建议试剂生产厂家能够生产磁珠法专用的核酸提取、扩增试剂盒,以方便临床需要。
  总之,磁珠法操作简便,自动化程度高,能有效避免因人为疏忽造成的结果错误,值得在临床推广。对于低浓度标本检出率提高不大的问题,建议磁珠法核酸提取试剂最好与高灵敏度核酸扩增试剂配套使用,才可以达到对低浓度标本检出率提高的目的,以方便临床确诊和治疗[3]。
  4、参考文献
  [1] 陆佳飞,周科隆,王缦.磁珠法快速提取乙型肝炎病毒DNA方法的建立及其应用研究.中华检验医学杂志[J].2012.35(9)843~850.
  [2] 王洁,常静霞,张怡青等.两种国产乙型肝炎病毒核酸定量检测试剂的检测效能评价.实用肝脏病杂志[J].2014.17(4)368~371.
  [3] 舒孟军,盛蓉生,高峰.磁珠法测量痕量肝炎病毒的研究.检验医学与临床[J].2013.10(6)677~679.
  [4]李德成,黄晓佳,陈雄毅.不同核酸提取方法在HBV-DNA荧光定量检测中的比较.国际检验医学杂志[J].2010.31(12)1361~1363.
  作者:刘学敏,1980年,女,检验本科,主管检验师,长期从事基因检测工作 。
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