土壤中立枯丝核菌AG3菌核的荧光定量PCR快速检测

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立枯丝核菌Rhizoctonia solani融合群3(anastomosis group 3,AG3)是引发马铃薯黑痣病的主要病原菌,严重威胁着马铃薯产业的发展。菌核是马铃薯黑痣病菌在土壤中的主要存活结构,是马铃薯黑痣病的初侵染源,其密度直接影响马铃薯黑痣病的发病率和严重程度。为快速准确地检测出土壤中菌核的密度,本研究以立枯丝核菌AG3转录间区(ITS)特异性引物RsTqF1/RsTqR1扩增产物的重组质粒为标准品,构建SYBR Green I实时定量PCR(q PCR)检测体系,结合水筛法与Fast DNA?Spin Kit for Soil土壤DNA提取试剂盒对土壤样品进行DNA提取,建立了循环域值(Ct)与土壤中立枯丝核菌AG3菌核密度的关系,并与传统选择性培养基筛选法进行比较。结果表明,实时定量PCR检测灵敏度比常规PCR高10倍,土壤中菌核密度n(g/g土)和Ct值之间的关系为:n=10(9.6917‐Ct)/3.4558。相比较于选择性培养基筛选法,水筛q PCR法能够更加快速准确地检测出土壤中立枯丝核菌的菌核密度。
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