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区域经济差异与产业结构有着密切的联系。从三次产业结构的视角,运用加权变异系数对1995年以来新疆区域经济差异进行产业分解。研究发现,1995--2009年新疆第二、第三产业的加权变异系数明显高于人均GDP加权变异系数,对总体经济差异起着明显的“上拉”作用。通过三次产业对总体差异的贡献分析发现,第二产业差异对新疆总体经济差异的年均贡献率达73.5%,表明第二产业差异是造成新疆总体差异的关键因素,提出了缩小新疆区域经济差异的对策建议。