用MCEM加速算法估计多序列无根树最优分支长度

来源 :湘潭大学自然科学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：liu1513

【摘要】

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系统发育树是通过对生物序列的研究来推测物种的进化,其核苷酸替代模型通常假设序列进化为完全数据,但现实中很难满足此假设,针对此事实,该文运用MCEM加速算法对序列长度假设

【作者】

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严海芳蒋卉张文权

【机构】

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青海大学基础部,青海师范大学数学系,青海省地质调查局

【出处】

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湘潭大学自然科学学报

【发表日期】

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2014年2期

【关键词】

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系统发育树 MCEM加速算法 Jukes-Cantor模型参数估计 Phylogenetic tree MCEM accelerated algorithm

【基金项目】

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国家社会科学基金项目（13XTY002）,青海大学中青年科研基金项目（2012-qgy-3）

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系统发育树是通过对生物序列的研究来推测物种的进化,其核苷酸替代模型通常假设序列进化为完全数据,但现实中很难满足此假设,针对此事实,该文运用MCEM加速算法对序列长度假设不变,但存在缺失的情形下做出了Jukes-Cantor模型下含缺损数据的DNA序列构建无根树最佳分支长度的参数估计,并说明了MCEM加速算法比EM算法更有效.

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