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在生物的基因序列中，蕴含了其所有的特点和规律，是大自然隐藏在生物千变万化形态下的“密码”。在本文中我们选取21种HIV病毒基因数据，应用基于非序列比对的平均互信息方法提取出它们的序列特征，结合相关系数和离差平方和方法（Ward法）对其进行分类。此种分类方法有别于传统的序列对比方式，运算简单，速度快捷且得到了合理的分类结果。