海洋沉积物中细菌DNA和RNA水平群落差异

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海洋沉积物中的微生物在生物地球化学循环中具有重要作用。目前,细菌群落的研究多基于16S rRNA基因(DNA)展开,但DNA不仅包括活性微生物DNA也包括非活性微生物DNA,而RNA水平则可表征环境中具有活性的微生物种群。本研究采用荧光定量PCR和Illumina高通量测序技术,在DNA和RNA水平上研究了渤海和南黄海表层沉积物中细菌群落结构。结果表明,细菌DNA基因丰度比RNA基因丰度高1~2个数量级,DNA水平群落多样性高于RNA水平,二者群落结构差异显著。沉积物中的细菌具有活跃的化能异养、硫酸盐还原和硝化作用。基于16S rRNA基因的测序在探索微生物群落功能时可能会误判重要的功能微生物,总细菌群落中的“稀有生物圈”可能包含转录活跃者,发挥着重要的生物地球化学作用。总体而言,在分析来自稳定沉积环境的细菌群落结构时,基于16S rRNA的研究更能反映真实的生态状况。
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