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近些年来，我国民营物流企业虽然发展很快，在社会上的地位不断提升，所发挥的作用越来越大，但也遇到一些突出问题。特别是经过10多年连续的“高速增长”之后，企业发展进入相对的“平台期”，再加上经营环境、社会环境和行业政策环境的制约，民营物流企业在谋求更大发展上遇到比较大的困难。因此，一些发展较快、已经达到一定规模的民营物流企业选择了全部或部分转让网络资源的路子。这也从一个侧面说明，民营物流企业的经营环境亟需改善。
企业在现实中所反映的突出问题，大致可以分为以下三类：
一是整个经济社会快速发展条件下社会转型中出现的问题。比如，地方保护与区域封锁的问题，社会秩序和治安的问题，过多的行政审批及某些行业的腐败问题，社会诚信度缺失，甚至黑恶势力欺行霸市的问题等。
二是企业自身的问题。在逐步完成原始积累之后，民营物流企业相继遇到了企业规模化成长过程中的“瓶颈”。在发展战略、管理体制、组织机构、决策机制、人员素质等方面已经不能适应企业规模的扩张与发展，难以支撑继续高速增长的需要。
三是需要政府出面协调解决的政策环境问题。企业反映比较集中的政策性问题主要有：
税收方面的问题
近年来，国家税务总局按照九部委文件精神，先后出台了[2005]208号文《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》和国税函[2006]270号文《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》，以及国税函〔2007〕146号《关于下发试点物流企业名单（第二批）的通知》，在税收方面发出了支持物流企业发展的信号，一些试点单位开始见到实效。但就目前情况看，税收方面的问题仍然是物流企业特别是民营物流企业最为关注的问题之一。
交通方面的问题
1．配送车辆进城的问题。相当部分城市的物流企业送货车辆进城配送需要货车《通行证》，通行证发放和货运车辆进城没有统一明确的标准，从正规渠道远远无法满足需要，要么花“黑钱”从非正规渠道购买，要么以客车违法装货，承担着安全和罚款的风险。
2．干线运输的高收费问题。高速公路通行费及过路过桥费收费标准仍然偏高，国家对于集装箱运输车辆通行费的优惠政策在部分地区不能落实，造成部分区域的高速公路运能闲置。走普通公路不仅长距离干线公路运输能耗高，环境污染问题严重；还会遇到乱收费、乱罚款等问题，货物的安全也存在很大隐患。
3．部分地区仍然存在着较为严重的公路“三乱”问题。有的物流企业甚至因为本公司的车体形象标识遭到罚款。
全国性物流企业区域
分支机构的设立问题
有的地方规定，物流企业设立分支机构要在当地找“挂靠单位”，强行要求进入指定经营地点，硬性规定车辆台数，不分企业状况交纳押金等。许多地方出于地方利益考虑，要求物流连锁经营单位在当地重新登记注册，不允许注册非独立核算的分支机构，严重地制约了全国性物流企业的集团化与规模化进程。
中小物流企业融资难问题
民营物流企业体制灵活，发展较快，自有资金实力远远不能满足企业发展的需要，又缺乏相应的抵押物，企业经营所必须的融资体系问题十分突出，部分民营物流企业陷入民间借贷等非正规渠道，造成了企业经营的风险及国家金融秩序的混乱。同时，物流企业与货主之间的应收账款拖期问题也比较严重，造成物流企业资金周转困难，加大了经营成本与风险。
货物的安全和保险问题
特别是一些贵重物品如手机在航空、铁路等垄断性公共物流平台中丢货现象较多。据反映，仅宅急送总公司每年在航空公司丢失的货物价值就在100万元以上。但根据目前规定铁路和航空部门最高仅按每公斤数元到20元的价格赔偿，也常常不在保险公司标准承保范围之内，物流企业不堪重负。还有，有的地方在车辆保险中不允许自主选择保险公司，也不允许保险“团购”。
缺乏统一的格式合同
物流作为一个新兴的行业，尚没有行业专属的标准格式合同和统一专用发票。由于背书的标准交易条款是物流公司单方自行制定的，得不到法律的承认与保护。货运单据的不统一，也造成了企业信息管理的困难和行业内部信息的交换障碍。
关于物流设施建设的配套问题
目前消防管理部门对仓储消防标准的规定不符合现代物流的管理特性。如，库房每3000平方米就必须建造消防隔断，还有自动喷淋设施的成本过高和在北方寒冷地区冬季不适用等问题。再如，货运场站的规划建设问题。部分没有纳入统一规划，但是历史原因已经自发的形成运输集散地的物流场站处境尴尬，部分面临拆除和清理，其对民营物流企业影响很大。还有，急需建立全国性的公共物流信息平台，以解决物流信息的“孤岛”问题。
物流企业职工技能培养以
及社会养老和保险问题
虽然已经有了物流师和采购师等证书资格培训，而企业大量需要的技能型人才缺乏有效的培训体系与机制。现行社会保险政策与民营物流企业的经营管理特点也有一定差距，农民工社会保险存在投保地与居住地不一致的问题，农民工无法享受部分社会保障，而企业由于社保的投入用工成本却大大增加。
企业在现实中所反映的突出问题，大致可以分为以下三类：
一是整个经济社会快速发展条件下社会转型中出现的问题。比如，地方保护与区域封锁的问题，社会秩序和治安的问题，过多的行政审批及某些行业的腐败问题，社会诚信度缺失，甚至黑恶势力欺行霸市的问题等。
二是企业自身的问题。在逐步完成原始积累之后，民营物流企业相继遇到了企业规模化成长过程中的“瓶颈”。在发展战略、管理体制、组织机构、决策机制、人员素质等方面已经不能适应企业规模的扩张与发展，难以支撑继续高速增长的需要。
三是需要政府出面协调解决的政策环境问题。企业反映比较集中的政策性问题主要有：
税收方面的问题
近年来，国家税务总局按照九部委文件精神，先后出台了[2005]208号文《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》和国税函[2006]270号文《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》，以及国税函〔2007〕146号《关于下发试点物流企业名单（第二批）的通知》，在税收方面发出了支持物流企业发展的信号，一些试点单位开始见到实效。但就目前情况看，税收方面的问题仍然是物流企业特别是民营物流企业最为关注的问题之一。
交通方面的问题
1．配送车辆进城的问题。相当部分城市的物流企业送货车辆进城配送需要货车《通行证》，通行证发放和货运车辆进城没有统一明确的标准，从正规渠道远远无法满足需要，要么花“黑钱”从非正规渠道购买，要么以客车违法装货，承担着安全和罚款的风险。
2．干线运输的高收费问题。高速公路通行费及过路过桥费收费标准仍然偏高，国家对于集装箱运输车辆通行费的优惠政策在部分地区不能落实，造成部分区域的高速公路运能闲置。走普通公路不仅长距离干线公路运输能耗高，环境污染问题严重；还会遇到乱收费、乱罚款等问题，货物的安全也存在很大隐患。
3．部分地区仍然存在着较为严重的公路“三乱”问题。有的物流企业甚至因为本公司的车体形象标识遭到罚款。
全国性物流企业区域
分支机构的设立问题
有的地方规定，物流企业设立分支机构要在当地找“挂靠单位”，强行要求进入指定经营地点，硬性规定车辆台数，不分企业状况交纳押金等。许多地方出于地方利益考虑，要求物流连锁经营单位在当地重新登记注册，不允许注册非独立核算的分支机构，严重地制约了全国性物流企业的集团化与规模化进程。
中小物流企业融资难问题
民营物流企业体制灵活，发展较快，自有资金实力远远不能满足企业发展的需要，又缺乏相应的抵押物，企业经营所必须的融资体系问题十分突出，部分民营物流企业陷入民间借贷等非正规渠道，造成了企业经营的风险及国家金融秩序的混乱。同时，物流企业与货主之间的应收账款拖期问题也比较严重，造成物流企业资金周转困难，加大了经营成本与风险。
货物的安全和保险问题
特别是一些贵重物品如手机在航空、铁路等垄断性公共物流平台中丢货现象较多。据反映，仅宅急送总公司每年在航空公司丢失的货物价值就在100万元以上。但根据目前规定铁路和航空部门最高仅按每公斤数元到20元的价格赔偿，也常常不在保险公司标准承保范围之内，物流企业不堪重负。还有，有的地方在车辆保险中不允许自主选择保险公司，也不允许保险“团购”。
缺乏统一的格式合同
物流作为一个新兴的行业，尚没有行业专属的标准格式合同和统一专用发票。由于背书的标准交易条款是物流公司单方自行制定的，得不到法律的承认与保护。货运单据的不统一，也造成了企业信息管理的困难和行业内部信息的交换障碍。
关于物流设施建设的配套问题
目前消防管理部门对仓储消防标准的规定不符合现代物流的管理特性。如，库房每3000平方米就必须建造消防隔断，还有自动喷淋设施的成本过高和在北方寒冷地区冬季不适用等问题。再如，货运场站的规划建设问题。部分没有纳入统一规划，但是历史原因已经自发的形成运输集散地的物流场站处境尴尬，部分面临拆除和清理，其对民营物流企业影响很大。还有，急需建立全国性的公共物流信息平台，以解决物流信息的“孤岛”问题。
物流企业职工技能培养以
及社会养老和保险问题
虽然已经有了物流师和采购师等证书资格培训，而企业大量需要的技能型人才缺乏有效的培训体系与机制。现行社会保险政策与民营物流企业的经营管理特点也有一定差距，农民工社会保险存在投保地与居住地不一致的问题，农民工无法享受部分社会保障，而企业由于社保的投入用工成本却大大增加。