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按照日本水产厅的对外国际渔业合作计划，与东南亚的国际渔业合作是重点。近两年（2005、2006）来，日本对印尼、越南的渔业合作开发已初见成效。根据日本与印尼水产部的谈判，两国的水产合作项目有：（1）加盟麦氏金枪鱼保护委员会（CCSBT），加强对麦氏金枪鱼的养护和管理；（2）共同开发印尼200海里专属经济区内的深海鱼类资源；（3）由印尼批准一定数量的日本渔船对某些鱼类品种进行配额捕捞；（4）双方共同进行鲸的资源调查并向国际鲸协提出科研用鲸的申请；（5）由日本贷款修建雅加达渔港及配套设施等。