1.《国家学生体质健康标准》测试与课程标准实施存在着冲突
　　目前很多学校的体育教师在教学时是以健康标准测试项目为主要内容的，体育课几乎上成了训练课和测试课。笔者认为，学生体质健康测试项目的锻炼重在平时，要结合学生每天一小时的体育活动和大课间进行，但问题是很多学校还没有真正落实或组织还不到位，虽然实施办法中有“《标准》的实施工作记入教师的教学工作量”这样的规定，但《国家学生体质健康标准》测试工作面广量大，如果体育教师不用体育课进行训练和测试，用什么时间，学校应该如何安排，体育教师的工作量又如何进行实质性计算呢？我们的主管部门如何来协调？
　　2.对《国家学生体质健康标准》中评分标准的质疑
　　男生的引体向上测试的及格标准及满分标准高一、高二、高三分别是8、9、10和23、24、25，确实是太高了，如果仅以此项来统计，我们学校参加测试的男生为2144人，其中不及格的就有1932人，达良好的仅两人。学生望而生畏，练，最多是个及格还练它干什么？想当初我们参加体育加试时拉二十个也就满分了。另外初中男、女生的实心球项目上的及格与满分标准是女生比男生要高好多，而实际测试情况是绝大部分男生比女生掷得远，不知我们的专家是依据什么来定的。
　　3.《国家学生体质健康标准》的测试结果对学生的影响
　　《国家学生体质健康标准》实施办法中虽有说明，但力度不够更不会真的影响学生的升学，事实上现在高校招生工作中很多地区就没有体育这一块，所以学生不以为然，平时为此而练习的不多，测试不认真，敷衍了事的也不在少数，这也是造成数据不准确的一个原因。另外对测试项目要求全市统一，原则上每年不重复，应该说这是很好的举措，便于分析和比较本地区学生的体质健康状况，但学生没有了选择权，在某种程度上也不能反应学生自身的体质健康状况（因为其中可能有一项或两项正好是他的弱项）。
　　4.《国家学生体质健康标准》上报软件应免费试用
　　学校应免费使用上报软件，并得到各种数据的服务（如学生由一个年级段升级到另一个年级段以及既往成绩的查询等），有必要再申请什么高级会员，交其它费用吗？另外上报软件系统需要改进，学生因病等申请免测的应该在上报系统软件程序中提前识别，有必要再填一些假成绩，然后再识别吗？在最后生成评价文件后，要恢复以前的上报软件中针对学生个人情况的分析评价，这样不是更方便学校、教师与家长的沟通，使家长及时了解自己子女的体质健康状况，引起家长的重视，从而取得行动上的支持吗？如果生成学校、年级、班级的分类统计报表，使校长、年级主任、班主任都能了解各层次的测试情况，并纳入考核不是对实施《国家学生体质健康标准》更有促进作用吗？