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目的：探讨甲基化酶抑制剂5-氮杂-2-脱氧胞苷(5-Aza-2-deoxycytidine,5-Aza-CdR)对结直肠癌细胞株HT-29和LoVo中Runx3基因甲基化水平、mRNA及蛋白表达的影响.方法：用不同浓度5-Aza-CdR处理结直肠癌细胞株HT-29和LoVo.应用TaqMan探针为基础的实时定量PCR(Methylight)方法、SYBR Green PCR方法及蛋白印迹实验(Western blot)检测药物处理前后HT-29和LoVo细胞中Runx3基因的甲基化状态、mRNA和蛋白表达.结果：Methylight检测HT-29和LoVo细胞中Runx3蛋白在药物作用后异常甲基化得到逆转；实时荧光定量PCR和Western Blot检测到0.5、1.0、1.5μM 5-Aza-CdR处理后Runx3基因mRNA和蛋白重新表达,实时荧光定量PCR检测对照组和不同浓度实验组在HT-29细胞株相对表达量分别为(1.000±0.000),(1.021±0.019),(1.064±0.015)和(1.516±0.048)；在LoVo细胞株相对表达量分别为(1.000±0.000),(1.007±0.007),(1.043±0.026)和(1.756±0.129).Western blot检测Runx3蛋白在对照组和不同浓度实验组中HT-29细胞株相对表达量分别为(0.188±0.019),(0.232±0.018),(0.267±0.012)和(0.713±0.018)； LoVo细胞株相对表达量分别为(0.416±0.018),(0.488±0.015),(0.640±0.015)和(0.774±0.023).以上作用均呈时间、剂量依赖性,Runx3基因mRNA在HT-29细胞株表达(F=254.373 P=0.000)和LoVo细胞株表达(F=95.312 P=0.000)具有统计学差异.Runx3蛋白表达在HT-29细胞株表达(F=624.538,P=0.000)和LoVo细胞株表达(F=241.123,P=0.000)亦具有统计学差异.结论：结直肠癌细胞株HT-29和LoVo中Runx3启动子甲基化可能是导致该基因表达下调甚至失活的主要原因.5-Aza-CdR能够较成功的逆转结直肠癌细胞株HT-29和LoVo中Runx3基因的甲基化状态,并能恢复mRNA及蛋白重新表达.