目前我国非经营性政府投资项目代建制主要存在事业单位代建和公司代建两种模式。由于事业单位和代建公司在机构属性和宗旨不同，导致两种代建制模式在适用对象、适用阶段、适用范围等方面存在很大差异。我们认为，公司代建制更适合“一次性”的企业投资项目的需要，而政府常设的建设管理机构更适合“连续性”的政府投资项目；事业性代建机构能全面承担项目业主的职责，但代建公司的法律地位在实践中并不十分明确，只是代行项目业主的部分职责：代建公司不适合代理、也难以胜任项目的一些前期工作；公司代建制不能从根本上解决外行业主的问题，且很可能导致有关政府部门面临民事纠纷的风险；事业单位对政府投资项目集中统一管理能产生规模化的经济效益，公司代建模式所需的代建管理费比传统的建设单位管理费要大大增加；事业单位代建模式有利于政府集中监管，但投资责任约束相对不足，公司代建制则易于建立投资责任约束机制；公司代建模式不适用于中小项目，因而难以大范围推行；公司代建制模式存在代建公司对项目“寻租”的潜在风险，且代建公司还存在片面降低建设成本的管理倾向；由于机构和专业人员相对稳定，故事业单位代建制模式比公司代建制模式更有利于落实“质量责任终身制。