高等教育经费不足严重制约着我国高等教育的发展，高等教育资源匮乏使得国民接受高等教育的强烈需求不能得到有效供给，严重阻碍了国民素质的整体提高，延缓了国家强盛的步伐。高等教育经费由全额拨款转变为拨款与自筹相结合的多渠道筹资方式以来，教育投入不足得到一定程度缓解，极大的促进了高等教育的发展。高等教育经费来源多元化决定了投资主体多元化，投资主体必然关心其投入的产出效益，期望通过一系列的财务手段和技术发挥资金的最大效益，优化资金的配置。本文运用比较分析法、文献分析法等方法，通过对高等院校财务预算管理的现状分析，提出了加强财务预算管理，创新预算管理方法，引入绩效评价体系，引导资金的合理流向，解决经费短缺和使用效益低下的矛盾，初步构建了基于绩效评价体系的高等院校财务预算体系，并阐述了实施绩效评价的保障措施，具备一定的可操作性，希望对国内其他高等院校具备一定的借鉴价值，帮助其提高财务预算管理水平。