环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼的相继入法，辅之以传统的环境刑事公诉和新兴的生态环境损害赔偿诉讼，使环境公益的司法保护形成了独具特色的中国方案。由于同一环境侵害行为往往具备多重违法属性，而环境规制路径之间亦存在功能交叉或重叠，由此导致环境公益诉讼面临着艰巨的程序协调难题。具体表现在：其一，环境公益诉讼需要协调好环境行政规制与环境司法规制的关系；其二，环境公益诉讼需要协调好各环境公益司法保护手段之间的关系；其三，环境公益诉讼需要协调好与传统的环境私益诉讼之间的关系。既有的环境公益诉讼研究多及于特定类型诉讼程序的构建与完善，而未顾及环境公益司法保护之整体性构造，亟待从“整体主义环境哲学”的角度探讨环境公益诉讼与关联诉讼的协同配合机制。
　　由于对“环境公益”这一基石性概念的研究阙如，直接造成环境公益诉讼受案范围不清、模式选择混乱等现实难题。在解释论视角下，环境公益应当作“环境实体公益”和“环境制度公益”的二元界分，前者旨在恢复实体层面被破坏的生态环境，并构成环境民事公益诉讼的核心诉求；后者旨在救济因侵害行为而对环境秩序造成的冲击，并构成环境行政公益诉讼的基石诉求。加之环境刑事公诉在形式上和实质上均满足公益诉讼的基本构成要件，所以亦可纳入广义的公益诉讼范畴。鉴此，本文将环境刑事公诉、环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼间的程序协调问题概括为“环境公益诉讼的内部程序整合”。
　　生态环境损害赔偿诉讼实际上赋予了行政机关一个公法性质上、私法操作上的请求权，将生态环境损害赔偿诉讼界定为民事性质诉讼的观点有违其公法内核，犯了“手段凌驾于目的”的归因错误，将其界定为在环境行政规制的基础上形成的以法院为中心的行政执法程序更为妥当。因此生态环境损害赔偿诉讼是一类独立于环境公益诉讼的特殊诉讼类型。加上传统的环境民事/行政私益诉讼与环境公益诉讼的性质有别，但程序上有所勾连。所以本文将生态环境损害赔偿诉讼、环境民事私益诉讼、环境行政私益诉讼与环境公益诉讼的程序协调问题概括为“环境公益诉讼的外部程序衔接”。
　　同类型的环境公益诉讼内部程序整合与异质型的环境公益诉讼外部程序衔接的手段主要表现为“附带审理”与“合并审理”，二者在本质上均属于“诉的合并”的范畴，因此“诉的合并”理论就构成环境公益诉讼内部程序整合与外部程序衔接的基础理论。本文以“3.0版本”的“相对的诉讼标的理论”为基础，构造出一种广义的诉的合并理论，认为应当通过赋予法院以诉的合并自由裁量权保障诉的合并在环境公益诉讼程序协调中的应用，并通过对举证规则、管辖规则和既判力规则等的改造，使环境公益诉讼与关联诉讼的程序协调能够在契合诉讼法理的前提下实现对环境法益的整全性保障。
　　环境民事公益诉讼构造出一种“法院——责任人”的直接规制路径，环境行政公益诉讼则构造出一种“法院——政府——责任人”的间接规制路径，二者在维护环境公益这一核心取向上是殊途同归的，由此引发环境行政/民事公益诉讼的程序竞合。环境行政/民事公益诉讼的程序协调可以通过设计不同情形下的诉讼模式选择方案、完善环境行政附带民事公益诉讼程序来具体展开。环境刑事/民事公益诉讼的程序协调面临着与检察机关提起的刑事附带民事诉讼功能重叠、过罪化倾向和检察机关“双重代位”引发的主体不适格质疑，可以通过构建以“先民后刑”模式为原则，以“刑民分离”模式为补充的审理策略，并同时通过附带诉讼时的公告豁免、管辖级别冲突时的“就低”策略等手段来应对程序整合面临的问题。
　　环境民事公/私益诉讼的程序协调面临着“紧密式衔接”和“松散式衔接”两条路径，鉴于前者在我国目前的制度语境下面临着较大的“转轨成本”，“松散式衔接”模式则具有成本低廉而成效显著的优势，因此选择“松散式衔接”模式破解“双轨制环境诉讼”附带的弊端更具可行性。具体而言，可以通过争点分隔和中间裁判的方式实现环境民事公/私益诉讼程序衔接的效率提升。环境民事公益诉讼与生态环境损害赔偿诉讼的程序衔接也面临两条路径，即基于解释论的视角通过受案范围、诉前程序、起诉顺位、诉讼请求和证据融通等方面的制度改造实现程序衔接，以及基于建构论的视角赋予行政机关以责令修复、赔偿生态环境损害的行政权力，以契合行政和司法相协同的“环境共治”理念。