“三权分置”政策的推行为土地经营权入股公司提供了制度上的可能性。新修订《农村土地承包法》的颁布与实施，使得土地经营权入股兼具正当性和合法性。然而，由于农地具有社会性价值，承担着事实上的社会保障功能和社会稳定功能，需要对农民股东权益进行倾斜性保护，这导致土地经营权入股与公司责任财产独立性、资本多数决原则等产生冲突，形成了诸多法律困境。
　　其一，“确权确地”的土地确权方式阻碍了土地经营权的流转。其二，农民股东“保底收益”的利润分配方式有违公司“无盈不分”的法理。其三，实践中赋予农民股东特殊表决权，造成了农民股东与非农民股东的表决权冲突。其四，农地股公司解散或破产清算时对土地经营权的处置使农民股东面临失地风险。
　　“三权分置”实现了土地承包经营权身份属性与财产属性的分离，土地经营权不再具有身份性，可以进行市场化的自由流转。由于土地承担着事实上的社会保障功能，为实现土地经营权市场化流转的平稳过渡，有必要对土地经营权入股进行制度化设计。首先，探索“确权确股不确地”的土地承包方式，解决土地细碎化问题，为土地经营权的自由、高效流转创造条件。其次，应以优先股为中心构建农民股东权利体系。农民优先股股权应为累积、参加、可转换优先股；当农民优先股股东优先权受到侵害时，其表决权应予恢复；在涉及公司重大经营决策时，应赋予农民股东“特别表决权”。最后，对于土地经营权的处置使农民股东面临失地风险问题，应赋予农民股东对土地经营权的优先回购权，建立土地经营权入股保险和入股基金，解决农民股东回购土地经营权的资金难题。