滑膜肉瘤已经被证明仅含有染色体易位t（X;18）（p11.2;q11.2）,该易位表达框内融合蛋白SS18-SSX。迄今为止,对癌融合蛋白SS18-SSX如何介导滑膜肉瘤发生发展的分子机制研究已经取得了很大的进展。然而,作为SS18-SSX的重要融合成员,SS18的功能机制在很大程度上仍不清楚。在本论文中,我们应用尺寸排阻色谱、分析型超速离心等一系列方法,证明了人源SS18-SSX1或SS18和BRG1可以形成稳定的异二聚体复合物,确定了两者相互作用的最小片段,并通过X-射线晶体学解析了BRG1（172-213）-SS18（14-101）复合物蛋白的晶体结构,分辨率约为2.39（?）。BRG1（172-213）-SS18（14-101）复合物的整体结构类似于一个四螺旋束,特定的氢键相互作用和疏水核心是复合物形成的关键。通过基于复合物晶体结构定点突变的方法,将BRG1（172-213）-SS18（14-101）复合物结合面上参与相互作用的关键氨基酸突变之后,完全破坏了BRG1和SS18或SS18-SSX1之间的相互作用,进而验证了我们所解析的BRG1/SS18复合物结构模型的正确性。进一步地,通过对酵母源SNF11（38-169）/SNF2（248-308）复合物高分辨率的晶体结构的解析和对SNF11/SNF2复合物结构模型的验证,我们发现BRG1的酵母源同源物SNF2与SNF11能够形成稳定的异二聚体复合物,且人源SS18/BRG1和酵母源SNF11/SNF2亚复合物异二聚体结构模型具有高度的相似性,这暗示酵母源SNF11亚基很有可能是染色质重塑复合物中人源SS18亚基的同源物。尽管SS18蛋白和SNF11蛋白具有结合重塑复合物的类似模式和一定程度的保守性,然而,有趣的是,我们发现与SNF11相比,SS18或SS18-SSX蛋白的C端均含有一个富含谷氨酰胺、脯氨酸、甘氨酸和酪氨酸的结构域（glutamine/proline/glycine/tyrosine-enriched domain,QPGY domain）,该QPGY结构域是低复杂度结构域（low complexity domain,LCD）。我们的研究结果表明QPGY结构域的自结合是介导SS18或SS18-SSX1在体内和体外发生液-液相分离（liquid-liquid phase separation,LLPS）的关键因素,并且染色质重塑复合物中的ATP酶亚基BRG1可以通过与SS18或SS18-SSX1之间的特异性相互作用被募集到相分离的凝聚物中。此外,QPGY结构域中保守的酪氨酸残基在SS18或SS18-SSX1的相分离过程中起决定性的作用,将QPGY结构域保守的酪氨酸残基突变为丝氨酸后,极大程度的削弱了SS18或SS18-SSX1相分离的能力。最后,我们通过在小鼠胚胎成纤维细胞系NIH3T3中稳定表达SS18-SSX1及其突变体,探究致癌融合蛋白的结构和非结构元素是如何影响细胞转化的,结果表明,融合蛋白SS18-SSX1的相分离及装配到染色质重塑复合物对其在NIH3T3成纤维细胞中的转化活性至关作用。综上,这些数据清楚地表明不同于酿酒酵母中的SNF11蛋白,人源SS18蛋白在进化过程中获得了相分离的新功能,并且SS18-SSX的相分离和装配到染色质重塑复合物都有助于滑膜肉瘤中致癌基因SS18-SSX的转化活性,这些研究为滑膜肉瘤疾病的治疗提供了新的方向。