证券投资者保护基金制度旨在对投资者因证券公司破产等原因受损而进行赔偿。该制度在世界各国(地区)已有比较成功的运行经验，并成为金融安全网的一个重要组成部分，对保护投资者、维系投资者信心、促进证券公司的监管体系发挥着极其重要的作用。借鉴国外的成熟立法经验，我国于2005年制定颁布《证券投资者保护基金管理办法》，并据此成立了独立运作的投资者保护基金公司。由于我国仓促出台的有关投资者保护基金制度的文件缺乏可操作性，有关赔偿制度方面仍需按照保护基金建立以前的文件进行。而这些文件作为行政干预下的产物，所构建的保护基金制度，具有很明显的过渡性。在此制度下，保护基金难以发挥应有的作用，只不过再次充当了“再贷款人”的角色。因此，本文在比较世界各国的保护基金赔偿制度并探究其制度成因的基础上，结合我国目前的证券法制现状，对保护基金的具体赔偿制度进行较为深入地探讨，旨在为我国构建合理化、体系化的保护基金赔偿制度抛砖引玉。一般而言，完整的保护基金赔偿制度包括赔偿范围、赔偿对象、赔偿标准和赔偿程序等。通过深入分析，本文得出结论认为：第一，赔偿范围应扩大为证券公司出现违法行为时引起投资者损失；第二，赔偿对象的确定应把那些主观故意参加违法投资活动、与证券公司有着特殊关系的投资者排除在外，把那些性质属于社会福利、终级客户属于“散户”的机构投资者纳入赔偿对象之列；第三，确定赔偿标准时，对投资者的赔偿额度不应该盲目参照国外的比例限制，可以参照个人投资者的平均投资总额，采取最高额限制，同时应该制定针对机构投资者的赔偿标准；第四，赔偿程序中应保持受理机构的专业性和独立性以保证赔偿处理的公正，赔偿时限的合理安排应该考虑投资者的利益是否真正得到保护。