肺腺癌中趋化因子与肿瘤浸润免疫细胞的生物信息学分析

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huangyi802
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:肺腺癌(LUAD)是常见的恶性肿瘤,免疫浸润细胞在LUAD的发生发展中起着关键作用。趋化因子可以调节肿瘤免疫细胞,从而影响LUAD患者的治疗效果和预后。本研究旨在筛选与免疫浸润相关的趋化因子作为LUAD患者预后的生物标志物。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载LUAD患者的转录组表达谱及临床信息。用CIBERSORT算法计算22个免疫细胞的相对分数。利用肿瘤免疫数据库(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)和肿瘤免疫相互作用数据库TISIDB(Tumor-Immune System Interactions Database,TISIDB)研究LUAD中差异表达的趋化因子与肿瘤浸润性免疫细胞的相关性。利用Cluster Profiler R软件包对这些趋化因子进行功能富集分析。另外,利用互作基因检索(Search Tool for the Retrieval of Interacting Gene,STRING)数据库检索工具构建了蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选关键基因(hub gene)。最后,对hub基因进行生存分析(Kaplan-Meie分析方法)对患者的总生存期(OS)进行统计分析,评价hub基因在LUAD发生发展中的预后价值。结果:1.LUAD组织中,T细胞亚群占主导地位,其中CD4+T细胞含量最高,其次是CD8+T细胞亚群、调节性T细胞;巨噬细胞和单核细胞分布较多,并且M2型巨噬细胞较多。CD4+激活记忆T细胞、幼稚B细胞、浆细胞、滤泡辅助T细胞、调节T细胞均低于正常组,静息NK细胞、单核细胞、M2型巨噬细胞、静息状态的肥大细胞等在肿瘤组织中升高。2.22个趋化因子在LUAD组织中差异表达,与肿瘤浸润性免疫细胞相关。功能富集分析表明,这些趋化因子主要是通过趋化因子应答、细胞因子活性和趋化因子信号通路富集。筛选CXCL9和CXCL10为hub基因,CXCL9和CXCL10的表达与LUAD患者的生存时间相关。结论:肿瘤浸润免疫细胞相关的趋化因子CXCL9和CXCL10可能作为LUAD的预后标志物。
其他文献
目的:研究Dickkopf相关蛋白3(Dickkopf-related protein 3,DKK3)基因在宫颈鳞状细胞癌(cervical squamous cell carcinoma,CSCC)组织、高级别子宫颈鳞状上皮内病变(high-grade cervical squamous intraepithelial lesion,HSIL)组织、低级别子宫颈鳞状上皮内病变(low-grade
目的:高度鳞状上皮内瘤变(HSIL)为宫颈癌前病变,不及时治疗极易进展为宫颈癌。近年来,一碳循环和癌症之间的研究逐渐受到重视,叶酸循环和甲硫氨酸循环更是其核心所在。叶酸(FA)、同型半胱氨酸(Hcy)、维生素B12(VitB12)均是循环中的关键物质。本研究通过检测比较不同人群中FA、Hcy、VitB12水平,探究这些指标与HSIL及宫颈鳞癌(SCC)患病风险、SCC分期、SCC术后病理特征之间的
目的:本文旨在描述乳腺疾病患者中肿瘤异常蛋白的表达,并进一步探讨其在乳腺癌诊断中的应用价值,分析肿瘤异常蛋白表达水平与各项临床病理特征以及患者接受新辅助化疗后不同预后结局之间的相关性。方法:选取我院乳腺外科2018年10月-2020年10月收治的207例女性患者,分为良性组107例(51.7%)和恶性组100例(48.3%)。恶性组中58例及良性组所有患者全部手术治疗,恶性组42例患者采用新辅助化
目的:探讨miR-200c对骨肉瘤增殖、侵袭和转移作用的影响,从分子层面上分析miR-200c对骨肉瘤生物学性状的影响。方法:(1)qRT-PCR技术检测人骨肉瘤细胞系Saos-2、U2-OS及人软骨细胞系C28中的miR-200c和NDN表达差异。(2)实验组由慢病毒携带miR-200c转染骨肉瘤Saos-2细胞,阴性对照组由空载体病毒转染Saos-2细胞,转染效率用PCR检测。分别检测实验组和
目的:探究SAMHD1在胃癌患者胃组织中的表达变化及其可能的临床意义。方法:采用免疫组化染色SP法检测320例胃癌患者的肿瘤组织中SAMHD1蛋白的表达情况,并分析阳性结果与临床资料的相关性,采用Kaplan-Meier法进行单因素生存分析,进行多因素分析采用Cox比例风险模型。结果:胃癌组织中SAMHD1蛋白的阳性表达率高达75.9%,根据分析结果表明其在肿瘤中的表达与患者性别、肿瘤原发部位等临
目的:建立耐顺铂卵巢癌细胞株,并探索耐药细胞的培养条件;观察不同浓度光敏剂DTPP在650nm连续激光下,对耐顺铂卵巢癌细胞的杀伤作用。方法:选用状态良好、呈对数生长的SKOV3细胞,通过采用顺铂大剂量冲击法诱导出耐顺铂的卵巢癌细胞(SKOV3/DDP),并测定耐药指数;选用耐药性稳定、状态良好且呈对数生长的SKOV-3/DDP细胞,将其分为四组:(1)DTPP-PDT组:用不同浓度DTPP(5、
目的:通过检测同一病人初次及二次手术胶质瘤中对胶质瘤相关的小胶质细胞/巨噬细胞(glioma-associated microglia and macrophages GAMs)M1、M2两种表型的表达变化与复发时间间隔、Ki-67、病理WHO分级变化等肿瘤生物学特性数值变化来探讨复发胶质瘤中小胶质细胞/巨噬细胞极化类型的变化趋势。方法:选取2013-2018年期间均于我院行初次及二次手术治疗,术
目的:探讨在全胸腔镜下肺血管/支气管袖式切除术治疗中央型非小细胞肺癌的临床疗效与安全性。分析在全胸腔镜下肺血管/支气管袖式切除术的优势,为肺癌患者选择最合适的手术方式。方法:收集2014年12月~2019年12月份分别在山西医科大学第二医院及山西省肿瘤医院接受全胸腔镜下肺血管/支气管袖式切除术治疗的中央型非小细胞肺癌患者35例(A组),同时随机选择2014年12月-2019年12月在山西医科大学第
目的:探讨手术基础上联合放化疗治疗局部进展期胃腺癌的价值及其对预后的影响。方法:通过对美国国立癌症研究所监测、流行病学和结果数据库(Surveillance,Epidemiology and End Results,SEER)进行访问,筛选出2010年至2015年间,行根治性手术切除的局部进展期胃腺癌华裔患者307例。根据诊疗策略的不同,将所有患者分为两组,包括单纯手术组(S组),手术联合化疗(无
目的:采用不同检测方法对古交市16408例农村妇女进行宫颈癌筛查结果对比分析。方法:在2015~2017年期间,对自愿接受宫颈癌筛查的所有山西省古交市14个乡镇中农村户籍、已婚、35~64岁符合标准的16408例妇女,采用人乳头瘤病毒(Human papillomavirus testing,HPV)检测、巴氏涂片法、液基薄层细胞学(Thin Prep cytologic test,TCT)、宫颈