生态环境损害赔偿磋商制度将行政机关主动索赔、平等协商、司法保障融为一体,在解决生态环境损害索赔的问题上切实发挥了提升生态环境治理效能、提高救济效率、实现利益平衡等功能和价值。目前我国已初步建成责任明确、程序规范、切实可行的生态环境损害赔偿磋商制度,全国各地以磋商形式解决生态环境损害赔偿纠纷的案件占比逐年增高,磋商程序日益完善、部门配合日益紧密、修复责任日见成效。基于对中央及地方制定的规范性文件的梳理以及对我国生态环境损害赔偿磋商案件的实证分析,我国生态环境损害赔偿磋商制度的现有困境集中表现为:磋商实体和程序规则不健全、司法确认程序不完善、损害赔偿金管理不规范、磋商协议履行缺乏保障。合理借鉴美国、欧盟、日本等发达国家或地区的相关经验,完善我国生态环境损害赔偿磋商制度应当包括:完善磋商实体规则和程序规则、完善司法确认程序、健全生态环境损害赔偿金的管理、保障磋商协议的履行,从而切实发挥磋商制度治理和修复生态环境、保护生态环境安全的制度价值和现实功能。