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J亚群禽白血病(Avian leucosis Subgroup J)是由J亚群禽白血病病毒(Avian leukosis virus Subgroup J,ALV-J)在临床上引起的,以造血细胞恶性增生为主的多种肿瘤性疾病。自上世纪90年代以来,严重危害我国养禽业,并造成巨大的经济损失。由于国际上尚无可有效防治J亚群禽白血病的药物和商品化疫苗,仅能通过淘汰阳性鸡、加强生物安全措施以达到控制的目的。目前从宿主抗性角度出发防治禽白血病成为国内外研究热点。本实验室前期发现并筛选出ALV-J抗性鸡,并保有F1代抗性鸡。在此实验基础上,将F1代抗性鸡公母个体进行交配,对F2代雏鸡再次攻毒,得到的ALV-J抗性鸡和易感鸡的肝脏组织样品进行Medip-Seq和RNA-Seq测序分析。1.Medip-Seq结果显示:经过比较,共检测出差异甲基化区8304个,其中易感鸡(阳性)相对于抗性鸡(阴性)上调的有4709个,下调的有3595个。对基因不同结构进行DMR富集分析,发现DMR在基因间区富集最多,有5943个,其次是内含子。启动子区域富集233个,占总数的3%。差异基因的KEGG passway分析表明这些差异基因显著富集在Steroid biosynthesis、Regulation of autophagy、beta-Alanine metabolism、ABC transporters等信号通路中。2.RNA-Seq结果显示:经过筛选,共有差异基因515个,其中易感鸡(阳性)相对于抗性鸡(阴性)上调的基因有189个,下调的基因有326个。差异基因的KEGG passway分析表明这些差异基因显著富集在Glycosphingolipid biosynthesis、Protein processing in endoplasmic reticulum、Protein export等信号通路中。3.针对Medip-Seq和RNA-Seq分析结果,随机筛选基因进行BSP和qRT-PCR验证。发现TGFB2启动子区甲基化水平与基因表达水平呈负相关,验证结果与Medip-Seq和RNA-Seq测序结果相吻合,证明Medip-Seq和RNA-Seq数据分析结果具有较高的准确性和可靠性。4.Medip-Seq数据与RNA-Seq数据联合分析发现,共有138个差异甲基化和表达基因,其中发现HSD17B7、SUPV3L1、TGFB2、TMEM104、FAM173A、CNP1这6个基因的启动子甲基化水平与基因表达水平呈负相关,因此推测这6个基因可能与ALV-J抗性相关。5.鸡源细胞DF-1和HD11在感染ALV-J后,TGFB2基因的表达呈上升趋势。当用si-RNA干扰TGFB2基因表达后,ALV-J在DF-1细胞中的增殖受到抑制。说明TGFB2基因的表达可影响ALV-J在DF-1的增殖。推测TGFB2基因启动子DNA甲基化通过抑制TGFB2表达,影响ALV-J在抗性鸡体内增殖,进而达到抗病的效果。预测TGFB2基因启动子区的DNA甲基化可作为筛选ALV-J抗性鸡的标志。