高校科技创新工作评价是科技管理的一项重要手段，可以促使各高校在更加重视科技创新工作的同时，有效的加强科技创新工作的管理与指导。评价工作对于高校开展和深化科技创新工作有着重要的现实意义。重庆市地处我国西南地区，其科技创新能力的发展对西南地区经济社会的发展有着重要的影响。评价重庆高校科技创新能力，对提升重庆高校科技创新能力具有很强的实践指导意义，有利于重庆高校更好的服务地方经济社会建设。本文通过实证研究的方法对重庆高校科技创新能力进行了深入分析，将生态学领域中的生态位理论引入到评价体系中，在评价方法上取得了一定的突破，为以后的评价研究工作打开了一条新途径。本文通过大量的数据资料对重庆高校科技创新能力进行了深入细致的分析，在此基础上，从科技创新的基础能力、投入能力、产出能力和成果转化能力四个方面对重庆高校与西部其他地区高校以及重庆高校之间进行了定量分析和比较，得出了以下研究结论:
　　第一，通过构建评价指标体系，将生态位理论引入到高校科技创新能力的评价体系中。生态位理论为高校科技创新能力的研究提供了一个全新的视角。该方法既可以局部分析又可以整体把握，同时可以和其他研究方法相结合。对重庆高校科技创新能力的各个方面进行数据分析，找出重庆高校在科技创新能力方面存在的优势和不足。但在应用过程中也发现了该方法的不足:评价指标的选择受到了约束，某些因素因不具备共性没有成为评价指标。同时，在指标权重的确定上，存在一定的主观因素的影响，仍需要进一步完善。
　　第二，系统分析了重庆高校科技创新能力的现状。通过对重庆高校n年的科技统计资料的分析，找出了重庆高校在科技创新能力建设方面取得的成绩和存在的不足。通过对重庆高校与西部其他地区高校的分析和比较，指出了重庆高校在西部地区的位置及重庆高校科技创新工作面临的形势及存在的问题。通过对重庆8所具有研究生培养能力高校的科技创新能力的实证分析，找出了各高校在科技创新方面的优劣势，有利于各高校进一步认清形势，明确任务，提高自身的科技创新能力。
　　基于上述分析研究，本文提出如下对策和建议:
　　一是要实施“人才强校”战略，提高科技创新队伍素质;二是要加强高校科技创新基地建设，营造良好的科技创新环境;三是要优化高校科技创新资源，提高配置效率;四是要加强产学研合作，促进高校科技成果转化。