海洋沉积物中细菌的富集分离及三株拟杆菌新物种的多相分类

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近海海洋沉积物包含丰富的微生物多样性,可能存在很多潜在的新物种资源,有巨大的研究和开发空间。本文建立并完善了实验室的富集分离方法,以采自威海近海的沉积物样品为研究对象进行了富集培养,同时应用传统的纯培养方法和Roche454高通量测序技术,分别对富集过程中培养与免培养细菌群落结构的演替进行了监测,研究了富集不同时间细菌区系的变化,并且探讨了用本文富集培养的方法分离拟杆菌的可行性和有效性。另外,利用该富集分离培养方法分别从鲨鱼腮及其他沉积物样品中分离到了拟杆菌门三株新菌并完成了多相分类,进一步丰富了拟杆菌门细菌的物种资源库。对于富集培养过程中细菌区系的研究,Roche454FLX高通量测序技术获得的信息远远超过传统的分离培养的方法,二者检测到的富集不同时间样品中的优势菌群也并不完全一致,说明可培养的细菌的数量与种类都不能完全代表样品中的所有物种,但是二者结果都显示,随着富集时间的延长,富集生境中细菌丰富度和多样性都逐渐降低。本文的富集方法不利于毡-变形菌纲、丫-变形菌纲、蓝藻门、绿弯菌门细菌的生长,但特别有利于拟杆菌的富集,而且对厚壁菌门、梭杆菌门及一些δ-变形菌纲细菌的富集作用也比较明显,可对今后的富集与分离培养提供参考意义。本研究的数据信息提示我们威海近海沉积物中还蕴含着很高丰度的未知微生物资源,有待于进一步地认识和开发,同时,也为更多地分离培养拟杆菌门新物种资源提供了一种行之有效的富集培养方法。从鲨鱼腮分离得到一株海洋细菌,编号为SS12.16SrDNA序列系统发育分析表明,菌株SS12T与海洋滑动菌科的发酵糖丝菌DSM9555T相似度最高只有94.68%,且系统发育树中SS12T与发酵糖丝菌DSM9555T在海洋滑动菌科形成一个独立分支。革兰氏阴性,杆状菌,兼性厌氧,滑动运动,生长需要NaCl,菌落呈黄色。过氧化氢酶阳性,氧化酶阴性。最适生长范围:温度28-30℃;盐度2-4%(w/v);pH7.0-7.5.DNAG+C含量40.0mo1%,主要的呼吸醌是MK-7,主要的脂肪酸是iso-C15:0和anteiso-C15:0,主要的极性脂是磷脂酰乙醇胺和一个未知的脂质。建议菌株SS12T(=CICC10590T=DSM27040T)代表拟杆菌纲海洋滑动菌科糖丝菌属的一个新种,命名为鲨鱼糖丝菌(Saccharicrinis carchari sp.nov.)。从威海金海滩沉积物样品中分离得到一株海洋细菌,编号为Y11。16SrDNA序列系统发育分析表明,与之最相似的也是发酵糖丝菌DSM9555T,相似度只有93.4%,而与菌株SS12T相似度也只有93.0%。革兰氏阴性,杆状细胞,不产芽孢。菌落黄色,有轻微水解琼脂的透明圈。兼性厌氧,滑动运动,生长需要NaCl。氧化酶阳性,过氧化氢酶阴性。最适生长范围:温度28-30℃;盐度2-3%(w/v);pH7.0-7.5。DNAG+C含量34.4mol%,主要的呼吸醌是MK-7,主要的脂肪酸是iso-C15:0,anteiso-C15:0和C15:1ω06c,主要的极性脂是磷脂酰乙醇胺和两个未知的脂质。多相分类结果表明,菌株Y11T(=CICC10835T=DSM T)代表海洋滑动菌科的一个新属新种,命名为海洋滑动杆菌(Labilibacter marina gen.nov., sp. nov.)。从中国青海省尕海咸水湖沉积物样品中分离到一株细菌,编号为G22。另一株分离自相同样品但不同富集时间的G312作为平行菌株,二者之间相似度99.0%。16S rDNA序列系统发育分析表明,与之最相似的是东方龙细菌,相似度只有90.04%。革兰氏阴性,兼性厌氧,不能运动,菌落呈粉红色或红色。氧化酶和过氧化氢酶都是阳性,生长需要NaCl。最适生长范围:温度33-35℃;盐度2-4%(w/v); pH7.0-7.5。其主要的醌组分是MK-7,主要的极性脂是磷脂酰乙醇胺和两个未知的脂质,主要的脂肪酸是iso-C15:0, anteiso-C15:0和iso-C17:03OH, DNA (G+C) mol%含量是40.0mo1%。建议菌株G22T(=CICC10587T=DSM27063T)和G312代表龙细菌科的一个新属新种,命名为尕海汤飞凡菌(Tangfeifania gahaiensis gen. nov., sp. nov.)。对拟杆菌纲所有物种进行了系统发育分析,提议建立一个新目,命名为海洋滑动菌目(Marinilabiliales),包含海洋滑动菌科、长杆菌科、龙细菌科及分类位置未定的海洋线菌属。这样拟杆菌纲将划分为两个目:拟杆菌目和海洋滑动菌目。
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