生物胺受体配基结合区域及其位点的预测

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 3次 | 上传用户:wanglin0824
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本研究采用motif结合受体三维结构的预测方法,从整体与局部两个层次对受体做了分析。从整体上,分析了生物胺受体的可变性、疏水性和保守性,从疏水性分析来看,TM3、TM5与TM7在整体上是高度亲水的,推测可能是配基直接结合区域。结合可变性、疏水性和保守性构建了生物胺受体的2D螺旋横横切面模型,从中找到了两个可能的配基结合区Ⅰ、Ⅱ,从位置来看TM3与TM7位于结合区的中部,与Ⅰ、Ⅱ的接触区域最大,并且面向结合区的残基多数为亲水且保守的,推测TM3和TM7主要在配基中起着稳定结构的重要作用;从局部上,寻找了生物胺受体及其子受体的motif,提出了父家族可变子家族保守motif概念,即父家族可变区中找到的子家族保守的motif,往往这样的motif在生物胺子受体的配基结合中起关键作用。综合整体与局部分析结果分析了各motif的功能,预测了行使配基结合功能的motif及相应位点,结果证明与突变实验结果有很好的吻合度。
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