我国高职院校的资金来源较为单一,财政性教育专项经费是其中重要的组成部分。随着近年来国家对于高等教育的内涵式发展越来越重视,相关专项经费的种类和数目也越来越多。高职教育作为高等教育的“半壁江山”,研究其财政性教育经费投入的发展现状,既是对于现有机制和执行情况的总结,也有助于未来政策以及管理模式的优化。本文的研究主题是S省高职院校财政性教育专项经费的投入管理机制。在国内外学者研究的基础上,界定高职教育财政性教育经费投入管理机制的相关核心概念,利用S省省属24所高职院校2012至2016年的财务数据分析该省高职院校财政性教育专项经费投入管理机制的现状,总结出其中存在的问题分别是:校际间经费分配不均衡,分配标准不明确;科研经费投入金额不足,产出效益不明显;教学公用经费覆盖率低,内涵建设易受限;新旧经费更替过于频繁,专项用途多重复;基础项目多于发展项目,专项特点难体现;经费与实力关联性薄弱,绩效管理不显著。在此基础上,本文从三个角度提出了优化建议。政策制定者应加大经费投入,增强其内部结构的合理性,同时健全社会激励政策,以拓宽高职院校的经费渠道。政策执行者对学校的考评应更全面且贯穿始终,建立更为灵活的财政性专项经费管理模式以及引入绩效评价后的反馈机制。政策对象(高职院校)应该首先设立特定部门或行动小组来处理专项经费有关事项,同时也要提升院校信息公开的透明度。