医药卫生体制改革的关键组成部分就是政府对公立医院财政补偿机制的改革，同时也是保障医药卫生事业公益性的着眼点。医疗业务收入、药品收入和财政收入是我国公立医院的三大收入来源。在20世纪末期，伴随着改革开放的脚步，我国医药卫生事业开始了“市场化”的改革探索。为应对政府补助不足、业务收费过低等现象，公立医院开始采用"以药养医”来补偿收入不足，这使得过度医疗的状况愈演愈烈，进一步影响了我国公立医院的公益属性，给社会带来了一系列的民生问题。2009年新医改实施以来，政府尝试通过药品零差率销售、调整医疗业务价格和增加政府财政补偿等政策来解决上述矛盾。然而在政策执行中，公立医院取消药品加成销售产生的收入缺口并没有得到妥善的弥补，公立医院出现经营困难，医疗总费用收入明显下降的现象。如何在保证医疗机构稳定运营与发展的同时，督促医院提高服务品质、控制费用涨幅、提升运营效率等在药品零差率销售的时代背景下具有深远意义。
　　本文对当前医药卫生体制改革背景进行深入研究，运用资料收集、实地考察等方法，尝试对财政补偿机制困境的原因进行分析。通过制订卫生发展规划，建立公立医院考核系统，明确财政补偿标准，拓宽财政补偿渠道，提高医保付费补偿水平，吸引社会资金投入，实施财政投入绩效评价，建立财政资金监管机制，从而构建更完善的公立医院财政补偿机制，在保障医院正常运行和提高社会效益间寻找平衡点。
　　本文通过整群抽样方法、医院运营资料收集法，尝试对我国公立医院政府财政补偿机制的历史和发展进行了梳理，分析防城港市4家公立医院的相关运行数据及政府财政补偿基本状况，从医院运营、医药费用、控制过度医疗以及提升医疗服务绩效等方面对公立医院的运营情况和财政补偿状况进行解析，从而找出现存的问题及影响因素。在药品零差率销售的政策背景下，提出公立医院财政补偿机制的改革应采取对医药卫生事业中提供医药卫生服务的公立医院(供方)和享受公益性医药卫生服务的人民群众(需方)同时进行补偿的模式。同时在社会医疗保险制度下，充分发挥医保经办机构与医疗服务供给方(医院)谈判中的话语权，达到鞭策医院、医生行医规范的目的。从而在根本上解决我国人民群众长期面临的看病就医问题。