巴中山地梅花鸡原产地为通江县北部山区和秦巴毗邻山地,是通江县特有的一种具有地域性的种质资源,是大巴山腹地驯化饲养而成的地方性土种鸡。目前关于巴中山地梅花鸡的研究还较少。本研究通过对150日龄巴中山地梅花鸡保种群体的生产性能并对开产日龄产蛋性能进行了测定;并对199只巴中山地梅花鸡的线粒体DNA D-loop、20只巴中山地梅花鸡和12只汶上芦花鸡的基因组序列进行测序,结合7个四川地方品种240只鸡的D-loop序列及其NCBI下载的530个个体的鸡全基因组重测序数据,分析了巴中山地梅花鸡种质资源特性及其遗传多样性,主要结果如下:1、巴中山地梅花鸡屠宰率在84.4%～91.8%,半净膛率在69.83%～79.75%,全净膛率在61.93%～65.61%,胸肌率在12.67%～12.73%,腿肌率19.76%～26.41%,表明其优秀的产肉性能;平均蛋形指数为1.33,属正常范围,孵化率较高;蛋黄颜色比色卡值13.65,处于上等水平偏上,色泽较好,蛋黄颜色深是一个明显的特色;平均哈氏单位为75.29,处于AA等级蛋。2、线粒体DNA D-loop高变区序列全长539 bp,共检测到35个多态位点和23个单倍型,核苷酸多样性（Pi）为0.012,单倍型多样性（Hd）为0.876,表明梅花鸡遗传多样性较高,还具有很大的选育空间;NJ法构建系统系统发育树,发现梅花鸡有4个分支。3、全基因组测序数据的群体遗传结构分析表明巴中山地梅花鸡保种群体中存在少量混杂。基因渗入分析显示梅花鸡具有相对较高的云南地方鸡血统;在红原鸡亚种中与原鸡滇南亚种Gallus gallus spadiceus的血统比例更高。此外,通过四种选择性扫描分析方法,共检测到583个受选择的蛋白质编码基因,涉及发育过程、代谢过程、对外界刺激的反应以及其他生物过程。综上,本研究表明巴中山地梅花鸡是优质肉鸡,其mtDNA D-loop区的多态性较丰富,有4个母系起源。在进行梅花鸡选育时和保种工作中,建议对其保种群进行遗传鉴定,淘汰外血混入的种鸡,并在保种区禁止外来鸡种的引进,为梅花鸡选育方案制定和早期选育留种提供科学指导。