新疆有4个地方品种马,包括哈萨克马、巴里坤马、焉耆马、柯尔克孜马,另外在新疆和田地区昆仑深山牧区和喀什地区塔什库尔干县海拔3800米以上的帕米尔高原牧区也有一定数量的地方马种。这两地的马之前没有被纳入国家遗传资源名录,两个新发现马资源都属于高海拔牧场,但外貌特征上与新疆本地品种区别比较大。对新疆地方品种马外貌特征和特性方面的对比研究目前未见报道,本研究对新疆8个地区的马种进行体尺和外貌特征进行测定和评价,通过统计和测量的数据结果对8个地区的马种进行对比分析,根据体尺指数分析潜在的生产性能,为地方品种马的鉴定、利用和选育方向提供科学依据,更好的选择用于繁殖的种公马和母马,确保地方品种马能够得到合理开发利用和保护。本研究分为两个试验:试验一:选取新疆8个地区的1380匹地方品种和地方马种,使用方差分析、判别分析、主成分分析对不同地区地方品种马的体型结构和外貌特征进行比较分析,得到了各地方品种马的优势用途和选育方向及哈萨克马和焉耆马的关键体尺性状,并对地方品种马的表型差异和环境适应性进行了讨论,结果表明:（1）巴里坤马体型较小,体高为130.50cm,体长指数为106.95%,胸围指数为121.51%,管围指数为13.47%,适合旅游休闲骑乘和乳肉兼用方向开发利用;伊犁地区哈萨克马体长指数为103.97%,管围指数为12.82%,运动性能较好,适合骑乘,不适合产品生产,主成分分析显示可对体高、尻高、胸深和尻宽重点培育;阿勒泰地区哈萨克马平均HMPI=2.65,体长指数为110%左右,胸围指数为123%左右,胸部发达,但尻部需要加强,适合耐力骑乘肉乳兼用方向选育;塔什库尔干地方马体长指数公马为104%、母马108%,管围指数小于13%,胸围指数116%左右,改善体高后,适合骑乘方向选育有潜力;柯尔克孜马母马体长指数为109.93%,胸围指数为119.36,管围指数为13.03%,公马体长指数为106%,管围指数为13.18%,尻部发达,头较小,适合耐力骑乘方向选育;山地型焉耆马管围指数13.5%左右,胸围指数大于130%,体长指数104%左右,胸部和尻部发达,胸廓指数65%左右,适合休闲骑乘、耐力骑乘和肉乳兼用方向选育,平原型焉耆马体长指数104%,胸围指数121%,胸部发育良好,母马胸廓指数57%,适合骑乘;和田地方马体长指数达108.87%,胸围指数达116.22%,管围指数12.62%-13.13%,适合耐力骑乘和旅游骑乘。（2）新疆地方马种的体型由大到小排列为:山地型焉耆马＞平原型焉耆马＞柯尔克孜马＞阿勒泰地区哈萨克马＞伊犁地区哈萨克马＞塔什库尔干地方马＞巴里坤马＞和田地方马;新疆地方品种马体型特征种间差异较明显,应用判别分析可简单且有效地将各地方马区分;应用主成分分析计算出了不同马种的关键体尺。试验二:对地方马种的毛色、被毛浓密程度、颈部特征、头部特征进行统计汇总后从其外貌特征来分析环境适应性、外貌多样性。结果如下:毛色多样性:阿勒泰地区哈萨克马的毛色最丰富,有19种,而伊犁地区哈萨克马的毛色只有10种;其次焉耆马和和田地区新发现的地方马中毛色均较丰富,和田地方马有12种毛色;两个类型的焉耆马共有13种毛色,山地型焉耆马有12种毛色,平原型焉耆马有7种毛色;柯尔克孜马有8种毛色;塔什库尔干地方马有8种毛色;巴里坤马仅有7种毛色。被毛和别征:巴里坤马、哈萨克马、和田地方马、焉耆马的尾毛浓密,柯尔克孜马和塔什库尔干地方马尾毛和距毛均稀疏甚至没有,阿勒泰地区哈萨克马和山地型焉耆马尾毛和距毛最浓密。头颈:焉耆马的山地型和平原型头部均较大,多为直头,部分为半兔头,颈长中等、呈直颈;巴里坤马、柯尔克孜马、和田地方马头部中等大小;塔什库尔干地方马头部较小,巴里坤马羊头比例大,需改良。体貌特征反映大部分地方马种适应能力较强。综上所述,伊犁地区哈萨克马体型结构符合轻型骑乘马,毛色较阿勒泰地区哈萨克马丰富度低;阿勒泰地区哈萨克马体型结构适合挽用且肉乳兼用性能较突出,毛色多样性最丰富;焉耆马山地型和平原型之间体型差异不大,平原型毛色多样性较低,山地型毛色丰富,今后山地型焉耆马向耐力、休闲骑乘和肉乳兼用方向选育较好;巴里坤马适合肉用或旅游骑乘方向;柯尔克孜马和塔什库尔干地方马适合骑乘方向,尤其是耐力骑乘或旅游骑乘;和田地方马个体在全疆马种中最矮,毛色较丰富,适合俱乐部儿童青少年骑乘用。