目的流行病学研究表明,脑卒中已经成为中国第一位的死亡原因,而颈动脉狭窄程度与卒中风险呈显著的正相关。本研究在既往临床实践的基础上,采用随机双盲安慰剂平行对照临床试验与队列研究的方法,采用治疗前后留取血样的血液进行全转录组测序,筛选全转录组差异表达谱,探究“顺气化痰汤”在不依赖传统调脂药物的情况下,减小颈动脉内中膜厚度、治疗颈动脉粥样硬化斑块的作用机制。本研究对于开拓中医药治疗颈动脉粥样硬化的新思路、提高临床疗效具有重要意义。方法筛选2020年9月-2021年4月就诊于北京中医药大学东直门医院的颈动脉粥样硬化的患者,根据相应的纳入、排除标准进行病例收集,将筛选入组的颈动脉粥样硬化患者随机分配为观察组和对照组。观察组予顺气化痰汤颗粒剂,口服,1袋/次,2次/日,饭后半小时开水冲服;对照组予顺气化痰汤安慰剂,口服,1袋/次,2次/日,饭后半小时开水冲服。服药周期为3个月,分别在入组时（基线）、治疗3个月时进行资料采集,其中包括留取患者晨起空腹静脉血、颈动脉超声检查等。采集数据后,为探索顺气化痰汤机制,将设计以下试验:从临床试验的试验组治疗前后留取血样的受试者这一队列中选取疗效好与疗效差的受试者各3名,进行治疗前样本的高通量测序,筛选全转录组差异表达谱;从临床试验的试验组与对照组治疗前后留取血样的受试者中分别选取3名,进行自身治疗前后配对样本的高通量测序,筛选全转录组差异表达谱。整合数据,进行分析。结果本实验使用DNBSEQ平台进行测序,共测15个样品,每个样品平均产出1.42G数据。将样品测序结果与参考物种基因组比对,平均比对率为95.28%,比对基因集的平均比对率为70.51%;一共检测到18667个基因。①该实验通过将观察组中显效的受试者的RNA样本治疗前后的组间差异基因,除去对照组治疗前后的组间差异基因,降低了由于时间、环境等非药物因素导致前后差异表达造成的试验误差,得出差异表达基因（Gege ID 27232）、H2AC19（Gege ID 723790）,通过对比 NCBI 数据库,差异基因GNMT主要表达的部位是肝脏与胰腺,差异基因H2AC19主要表达的部位是核小体。通过KEGG Pathway富集分析,得出组间差异基因显著富集于甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,坏死性凋亡,酗酒,系统性红斑狼疮这些通路中。②本实验通过对比观察组中显效患者与观察组中无效患者的RNA序列,得出组间差异表达基因集G,包括CNPY3-GNMT、UTS2、GNMT、ANOS1、RPS4Y1、ZDHHC1 1B、UTY、ZFY、KDM5D、USP9Y、DDX3Y、PRY、EIF1AY、TMSB4Y等基因,其中可能存在潜在的药物敏感性基因。结论将所获得的差异基因与NCBI数据库中已有的参考基因比对,推测差异基因主要在肝脏、胰腺及核小体中表达。将差异基因注释到GO数据库,可推测服药前后的差异基因主要位于核小体中,也存在于染色体、核染色质、外泌体、细胞核、细胞质、胞质溶胶中。将差异基因注释到KEGG数据库,得到相关的代谢通路,推测顺气化痰汤影响的通路可能包含于氨基酸代谢、细胞生长与死亡、物质依赖、免疫疾病这些通路中。