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目的：了解浙江省结核病耐药谱动态变化趋势；探讨耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因突变规律；分析浙江省结核分枝杆菌基因型分布和流行特征及其相关影响因素。方法：回顾性分析浙江省3次结核病耐药监测数据；利用基因测序方法,检测结核病耐药监测项目中获得的耐多药结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因序列；应用Spoligotyping和MIRU-VNTR进行菌株的基因分型,经聚类分析并结合药敏结果、流行病学等资料,采用χ2检验和logistic回归分析耐药性产生的相关影响因素。结果：1、从1998年-2008年,浙江省从涂阳肺结核病患者分离的结核分枝杆菌总耐药率由21.5%上升到28.9%,其中初治肺结核总耐药率由14.8%上升到26.5%,复治肺结核总耐药率由59.0%下降至50.0%；总耐多药率、初治耐多药率和复治耐多药率分别由9.1%、4.4%和34.7%下降至5.9%、3.3%和28.1%。2、利福平表型耐药菌株中MDR菌株的比例平均为76.1%,其中初治患者中比例为68.9,复治患者中比例为82.7%。3、2008年浙江省耐药监测共分离耐多药结核分枝杆菌55株,经基因测序,94.6%(52/55)检测到rpoB基因发生突变,92.7%(51/55)的菌株在507-533位利福平耐药性决定区(RRDR)检测到突变。rpoB基因最常见的突变位于531位,突变频率为51.9%(27/52),相关的氨基酸改变存在S531F、S531L2种形式；其次为526位,突变频率为21.2%(11/52),相关的氨基酸改变存在H526D、 H526Y2种形式。katG基因突变率为65.5%(36/55),最常见的突变为315位点的AGC-ACC突变,占所有位点突变的77.8%。有6株菌株在inhA启动子区检测到突变,其中5株为C15T,1株为G17T。4、Spoligotyping基因分型结果显示北京家族基因型(占71.6%)和T家族基因型(占16.6%)是浙江省主要流行基因型,其中北京基因型流行率高于全国(62.2%)和南方(53.2%)水平,低于北方(76.5%)水平,在浙江省内存在地域性差异。北京家族基因型与耐药性、与性别、年龄、病人分类、户籍和职业等之间不存在统计学意义上的相关性。经过ETRA-E5个位点进一步分型,发现42436基因型在MDR中的比例显著高于敏感菌株。5、Spoligotyping分型方法用于浙江省结核分枝杆菌的分型,其H仅仅为0.53,剔除北京家族基因型后,H高达0.93,显示出高分辨率。21个MIRU-VNTR位点基因分型,显示出高度的基因多态性,HGI指数从0.1-0.88不等。不同的位点组合显示不同的分辨率和基因型成簇率,当采用ETRA-E位点组合时,分辨率为0.9554,菌株成簇率为78%；当采用10个位点组合时,HGI为0.9995,成簇率为8%；当采用12个位点组合时,分辨率为0.9998,成簇率为3%；采用18个和全部21个位点时,HGI为0.99998,成簇率为0.6%,基本上所有的菌株都被分型为单个的基因型。6、以ETRA-E5个位点进行聚类分析,结果显示菌株的成簇率与耐药性、基因型、性别、年龄、病人分类、职业有相关性,与户籍没有相关性。结论：1、浙江省利福平耐药菌株中MDR的比例较低,用利福平耐药作为MDR-TB的筛选指针有待商榷。2、浙江省MDR-TB的耐药基因突变特征大部分与国内外研究相似,但也存在一些罕见的突变类型。3、北京家族基因型是浙江省的主要流行基因型,北京基因型分布与地域有相关性,与耐药性、与结核病患者的流行病学特征无相关。4、浙江省的结核分枝杆菌的基因型成簇率低,分散程度高,42436基因型可以作为MDR-TB的监测基因型。总之,此研究结果为浙江省进一步开展结核分枝杆菌分子流行病学研究奠定了基础,也为浙江省结核病防治规划的制订和实施提供了可以参考的科学依据。