世界一流大学建设名单的公布,标志着我国高水平建设大学进入新的阶段。研究性是世界一流大学的重要特征,探讨一流大学的科研效率关乎我国建设世界一流大学的进程和效果。对一流大学科研效率的探讨也有助于科学地评价国内一流大学的科研实力,为一流大学合理分配科研资源提供建议。本研究基于教育生产函数理论,运用数据包络分析方法对国内一流大学科研效率展开分析。通过对大学人文社会科学和自然科学科研效率的测算,本研究分析了国内一流大学高水平科研成果产出的效率问题,揭示了国内一流大学进入21世纪以来科研效率的变化趋势及原因,并指出国内一流大学当前在科研投入产出过程中存在的问题。本研究的主要发现包括:（1）国内一流大学科研投入和产出总量从2001年到2016年均有大幅度提升。自然科学和人文社会科学研究投入的研究与发展人员、研究与发展课题经费均呈现出大幅上升;与此同时,科研成果也取得了巨大的进步,无论是国内CSSCI期刊论文,还是国际SCI、SSCI期刊论文发表数量都有大幅度的上升,专利技术转让合同金额也快速增长。（2）国内一流大学产出高水平科研成果的科研效率水平整体偏低,大部分院校的自然科学和人文社会科学研究都处于技术无效状态,这表明我国一流大学在科研进程中,部分院校未能产出足够的高水平科研成果。（3）进入21世纪以来,我国一流大学科研效率整体处于上升状态。其中,自然科学科研效率不断上升主要由于研究人员的科研能力在不断上升;人文社会科学科研效率的上升主要由于研究人员科研能力和资源利用效率的提升。此外,研究发现我国人文社会科学科研规模扩张速度过快对部分高校科研效率水平的提升起到了抑制作用。（4）国内一流大学应重视结合高校科研规模和科研影响力来调整科研资源的分配。研究发现,部分高校科研规模过大,并且影响力有限;而部分院校虽然科研投入规模相对较小,但影响力较高。各院校应综合考量自然科学和人文社会科学发展实际情况,合理分配科研资源,提高科研效率和影响力。基于国内一流大学科研效率的分析结果,本研究认为我国高校在建设世界一流大学的进程中,要重视科研产出,竖立质量意识,调整科研规模,发挥自身特色,加强社会服务并提高国际影响力。