梨（Pyrus spp.）在我国种植历史悠久,已发现侵染我国栽培梨树的病毒有多种,其中苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）、苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV）和苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）在梨树上发生最普遍,这些病毒常常复合侵染,在一些感病梨树上引起树势衰退。这3种病毒均为乙型线性病毒科（Betaflexiviridae）成员,前期研究均是基于单个基因或基因组序列扩增对这些病毒的分子变异特点进行了分析,但有关这些病毒在梨植株中的群体组成研究较少。本研究通过高通量测序结合信息学分析揭示这3种病毒的群体变异特点,研究结果丰富了这3种病毒的分子信息,并为解析病毒的致病机理提供一定的参考依据。主要结果如下:1.对16份梨样品进行了RNA测序（RNA-seq）,经序列拼接及Blast N分析,共鉴定到7种植物病毒,即ASGV、ASPV、ACLSV、苹果软枝病毒2（apple rubbery wood virus 2,ARWV2）、柑橘病毒A（citrus virus A,Ci VA）、梨褪绿叶斑伴随病毒（pear chlorotic leaf spot-associated virus,PCLSa V）和砂梨潜隐病毒（Pyrus pyrifolia cryptic virus,Pp CV）。这16份样品均感染ASPV,14份样品感染2-5种病毒,复合侵染率为87.5%。分析发现ASPV群体结构相对复杂,可匹配到该病毒基因组的contig数较多,同一样品内具有多个单体型。匹配到ASGV和ACLSV的contig数量相对较少,部分样品内的ASGV具有多个单体型,与ASPV相比,二者的群体结构相对更简单。采用特异性引物对32份梨样品（16份RNA-seq样品和16份组成混合测序样品的独立样品）中的3种病毒进行RT-PCR检测,26份检出ASGV,27份检出ASPV,14份检出ACLSV。2.基于RNA-seq获得的序列设计特异性引物,从高通量测序样品中扩增获得ASGV、ASPV和ACLSV的基因组序列各10条、3条和2条。对RNA-seq和扩增获得的这3种病毒的基因组序列（19条、32条、6条）分别进行系统进化分析的结果表明,同一梨样品中获得的同一种病毒的多条基因组序列存在较远的遗传距离,分布于不同的系统进化分支。3种病毒的基因组序列中均检测到了重组事件,群体核苷酸多样性（Pi）分析的结果显示,ASGV的分子变异主要发生在可变区V1,ASPV在ORF1的2000-2100 nt和2700-2800 nt以及CP的C端编码区均高度可变,ACLSV在ORF1近2000 nt处存在一定的变异。对来源于梨和苹果的两个ASPV群体的遗传参数分别进行分析,结果表明来自两种寄主的ASPV群体间存在显著的遗传分化和频繁的基因漂移,ASPV的进化主要受负选择调控。