民办高等教育现在已发展成为我国高等教育的重要组成部分,民办本科院校办学水平高低将会在很大程度上影响我国高等教育的整体质量。我国现有独立设置的民办本科院校48所,这些院校升本后面临新的挑战,如何满足本科教育教学的要求并通过评估,如何与实力强大的公办本科院竞争高等教育市场,科研水平成为民办本科院校能否实现可持续发展的关键因素。通过对已有文献研究,了解了关于科研评价的最新研究成果,也发现了目前科研评价领域针对民办本科院校进行的系统性研究尚少。为了能使构建的科研业绩评价体系更具针对性,有效发挥其所具有的导向作用、鉴定作用、激励作用促进民办本科院校科研水平的提升,本文对反映民办本科院校科研工作状况的“科研投入”、“科研产出”、“科研平台”、“科研管理体制”四大方面10个具体指标采用网络调查法、文献研究法、电话访谈法调查基础上,发现民办本科院校现状是：政府扶持力度小,科研基础条件薄弱,缺乏成果交流平台,整体投入不足；注重加强自身内涵建设,整体科研产出较投入而言比较乐观,具有良好的发展前景。针对这一现状,在体系构建过程中,采用了定性和定量相结合的“专家评议法—层次分析法(AHP)”,在指标选取和权重确定方面结合民办本科院校科研工作定位和特点来确定。最终将取得的理论研究成果以江西蓝天学院为对象进行了应用研究,并根据评价结果提出相应的对策。