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本研究选择9只体重相近的安装永久性瘤胃瘘管的健康蒙古羯羊,分为3组,利用粗饲料分级指数(GI),将混合粗饲料分为高GI组(GI=2.89)、中GI组(GI=1.73)和低GI组(GI=0.65),试验在精粗比为2:8的条件下进行。试验通过与RDP数据库中序列配对,选择并合成了地高辛标记的3种纤维分解菌(黄化瘤胃球菌、白色瘤胃球菌、产琥珀酸拟杆菌)的16S rRNA种特异性寡核苷酸探针和1种细菌通用探针,以及18S rRNA种特异性的真菌通用探针,与瘤胃内容物中分离出的RNA样品进行定量斑点印迹杂交,测定这3种纤维分解菌的相对含量和瘤胃真菌数量的动态变化。试验期间采集瘤胃液和瘤胃内容物样品,对瘤胃发酵指标pH值、NH3-N浓度、挥发性脂肪酸浓度、菌体蛋白进行测定并进行动态变化分析。试验建用了16S rRNA定量杂交分析法测定瘤胃菌体数量的方法。研究结果表明:1.高GI组、中GI组、低GI组三组白色瘤胃球菌的相对数量分别为2.69±0.60%、1.80±0.04%、1.77±0.75%,三组黄化瘤胃球菌的相对数量分别为2.54±0.55%、1.91±0.29%、3.66±1.10%,三组产琥珀酸拟杆菌的相对数量分别为7.71±0.71%、5.27±0.63%、3.63±1.06%。2.高GI组白色瘤胃球菌、产琥珀酸拟杆菌的相对数量最高(p<0.01),黄化瘤胃球菌在低GI组饲料条件下是优势菌(p<0.01);3种纤维分解菌的总相对数量高GI组>中GI组、高GI组>低GI组(p<0.01);3.白色瘤胃球菌在瘤胃细菌中的相对数量为2.09%,黄化瘤胃球菌的相对数量为2.70%,产琥珀酸拟杆菌在瘤胃细菌中的相对数量为5.54%。3种纤维分解菌的相对数量为10.35%;4.瘤胃内真菌数量中GI组>低GI组>高GI组(p<0.01)。5.三种不同品质粗饲料条件下,高GI组相对于中GI组和低GI组,对瘤胃环境pH值影响显著(p<0.01),且具有较高的NH3-N浓度(p<0.01);高GI组乙酸/丙酸比例显著低于其他两组(p<0.01),而中GI组乙酸、丙酸浓度较高(p<0.05),丁酸浓度、总挥发性脂肪酸浓度高GI组和中GI组两组接近,高GI组略高。高GI组瘤胃发酵情况优于中GI组、低GI组;BCP浓度差异不显著。综上所述,本试验建立了一种运用16S rRNA特异性探针定量杂交技术检测瘤胃微生物菌群数量的方法。同时对反刍家畜粗饲料的科学利用,降低生产成本,提高经济效益具有一些指导意义。