蒙元王朝时期,中国境内最活跃的两个宗教当属佛教和道教。为了成为帝国境内地位最高的宗教,两支宗教进行了长达约三十年的争辩。初期,在成吉思汗的扶植下,以丘处机为首的全真教在河北地区迅速成长,在帝国中的影响也越来越大,但是随着全真教的势力的增长,其教众对佛教的欺压也不断加剧。最终,少林雪庭福裕在蒙哥汗面前状告全真教,从而揭开了长达近三十年的佛道之争。由于此时的全真教势力过于强大,引起了蒙元统治者的戒心。所以,在蒙古贵族的帮助下,藏传佛教高僧八思巴的努力下,在关键的开平城之辩中,佛教成功地战胜了道教。以此次辩论为标志,佛教开始取代道教成为帝国中地位最高的宗教。由于蒙元王朝实行的是宗教信仰自由政策,所以在道教辩论失败后并没有被取缔。相反,道教中的一些教派仍然与蒙元王室有着密切往来。但是这一时期,藏传佛教已经取代所有教派而成为蒙元王朝的第一宗教。此外藏传佛教的跋扈程度相比于当初的全真教,有过之而无不及,但是蒙元统治者却始终没有采取有效措施来制止藏传佛教的一些不良行为,反而对其是愈加放纵,而最终对蒙元王朝的政治和经济都造成了十分消极的影响。