创新已经成为提升综合国力和国家核心竞争力的决定性因素,世界各国不断加大对创新的支持力度,力争在未来发展中占据优势地位。但随着全球范围的生态环境恶化以及自然资源稀缺加剧,在创新发展过程中各个国家和区域不得不面对资源限制趋紧和环境约束加剧的挑战。为了应对挑战,创新发展一方面将创新资源集中到城市,以城市作为创新发展的主战场,借助于城市对资源要素的承载作用,发挥创新资源的集聚效应优势,建立起更为便捷的创新沟通桥梁;另一方面创新发展将发展重点从粗放式的提升创新发展水平转移到提升创新投入产出效率,更为注重创新要素在转化过程中的高效化和集约化。我国自2008年以来批复了诸多创新型城市,以形成区域创新发展的增长极,推进国家创新发展和经济高质量发展,而面对国内人口红利下降和国外错综复杂形势,提升创新型城市的创新投入产出效率迫在眉睫。本文在明确当前创新发展的热点问题和突出矛盾的基础上,分析了中国创新发展的现实情况,并厘清了提升创新型城市创新投入产出效率的重要意义,然后系统地梳理了创新型城市创新投入产出效率研究方面的相关理论,并对国内外关于城市创新发展的研究进行了整理,发现国外的相关研究从企业维度转为向国家和区域创新系统的研究,而国内的相关研究则从国家维度不断向更为微观的主体聚焦,认为城市创新系统的研究将会是未来国内外相关研究的重点领域,但目前相关研究缺乏将城市内部和城市之间协同创新联系起来的思考。鉴于此,本文首先根据国内外关于创新系统的相关研究,基于协同创新中的三螺旋理论、自组织理论以及协同学理论,兼顾创新系统效率评价的数据可得性,通过选择创新主体、设定创新过程来构建城市内部协同创新框架,然后以中国285个地级以上城市2003—2017年的面板数据为基础,利用网络数据包络分析模型分别测度了城市内部协同创新的“学转研”效率、“研转产”效率和整体效率,通过核密度模型和聚类分析模型探究了创新型城市城市内部协同创新效率的时间和空间变化规律,最后通过面板回归模型分析了创新型城市城市内部协同创新效率的影响因素。研究结果显示:（1）创新型城市内部协同创新的“学转研”效率在测度期内呈现出先下降后缓慢提升,最后快速提升的动态变化趋势,并可以按照“学转研”效率水平和变化分为三类,产业结构和国外投资对“学转研”效率有显著影响。（2）创新型城市内部协同创新的“研转产”效率在测度期内呈现出前期保持平稳,后期小幅度提升的变化趋势,并可以按照“研转产”效率水平和变化分为四类,基础建设和社会水平对“研转产”效率有正向显著影响,而产业结构和国外投资对“研转产”效率则有负向显著影响。（3）创新型城市内部协同创新的整体效率在测度期内呈现出先下降后缓慢提升,最后快速提升的动态变化趋势,并可以按照整体效率水平和变化分为四类,产业结构和国外投资对协同创新整体效率产生负向影响,而基础设施对协同创新整体效率产生正向影响。基于我国高质量发展的目标和五大发展理念,以协同创新“学转研”、“研转产”和整体创新效率表征创新发展,通过构建指标体系并利用主观权重和客观权重相结合的方法量化了中国地级以上城市的协调发展、绿色发展、开放发展和共享发展,并使用相关性检验的方法探究了创新发展与其它发展理念之间的相关性,结果发现:（1）中国地级以上城市与创新型城市的创新发展与协调发展、绿色发展、开放发展和共享发展高度相关;（2）创新型城市创新发展与其它发展理念的相关性高于地级以上城市的相关性;（3）无论是地级以上城市还是创新型城市,其它发展理念之间也呈现高度的相关。在创新型城市内部产学研协同创新效率的基础上,本文利用城市之间全局性的关联性强弱确立城市间的创新主体并设立城市间协同创新框架,然后通过全局Moran’s I指数验证了创新型城市协同创新效率的空间关联,并通过局部Moran’s I指数厘清了创新型城市之间的集聚关系,发现不同阶段协同创新效率的集聚情况并不相同,得益于高等教育质量,东北和中部地区呈现高高集聚;而受制于差异化的经济发展,长江经济带主要表现为低低集聚。最后通过空间计量模型和引力模型量化了创新型城市间的协同创新“学转研”效率、“研转产”效率和整体效率。空间回归结果显示:（1）在创新型城市间协同创新的“学转研”效率方面,资本相互影响潜力会对“学转研”效率产生正向影响,而人才相互影响潜力则产生负向影响。（2）在创新型城市间协同创新的“研转产”效率方面,资本相互影响潜力对于“研转产”效率的整体影响系数为正,制度相互影响潜力对于“研转产”效率的整体影响系数为负,而人才相互影响潜力对于“研转产”效率的整体影响并不显著。（3）在创新型城市间协同创新的整体效率方面,资本相互影响潜力对于整体效率的整体影响系数为正,制度相互影响潜力对于整体效率的整体影响为负,人才相互影响潜力对于整体效率的整体影响并不显著。最后,本文归纳总结了创新型城市内部和创新型城市之间协同创新的关系,并根据面板回归和空间计量回归结果提出了相应的政策建议。