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肠道菌群在宿主健康和疾病方面有着至关重要的作用。婴儿时期是肠道菌群定植的重要时期,受膳食、胎龄、环境等因素影响,婴儿早期肠道微生态的建立对终生健康有着重要影响,本文旨在研究哺乳期仔猪肠道菌群早期的定植规律及不同喂养方式对仔猪肠道微生态的影响,为探究形成有益健康的肠道菌群的喂养方式提供理论参考。本实验采用北京SPF猪育种管理中心4头英系长白母猪自然分娩的20头仔猪,分成3组,其中母乳喂养组7头、奶粉1喂养组6头、奶粉2喂养组7头,收集其出生后4-6日龄、12日龄及20-21日龄的仔猪粪便,保存在-80℃冰箱。提取粪便细菌基因组DNA并扩增其16S rDNA的v3+v4高可变区,应用Illumina MiSeq测序,分析其肠道菌群结构。其结果如下:1仔猪出生后4-6天内便有大量微生物定植,主要是链球菌属(Streptococcus)、未分类的肠杆菌科(Unclassified.Enterobacteriaceae)、拟杆菌属(Bacteroides)和梭杆菌属(Fusobacterium)等,在哺乳后期,仔猪肠道菌群多样性增加;2母乳喂养组、奶粉1喂养组及奶粉2喂养组仔猪肠道微生物在整个喂养阶段始终以拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门;属水平上,母乳喂养仔猪的肠道菌群以拟杆菌属(Bacteroides)、Akkermansia、Parabacteroides和未分类的肠杆菌科(Unclassified.Enterobacteriaceae)为主要优势菌属;而奶粉1喂养组仔猪肠道菌群以颤螺菌属(Oscillospira)、未分类的瘤胃球菌科(Unclassified.Ruminococcaceae)、梭杆菌属(Fusobacterium)和乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属;奶粉2喂养组仔猪肠道菌群以拟杆菌属(Bacteroides)、未分类的瘤胃球菌科(Unclassified.Ruminococcaceae)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普氏菌属(Prevotella)、Catenibacterium和Butyricimonas为优势菌属。3按日龄对仔猪肠道菌群进行α多样性比较时,3组喂养方式仔猪肠道菌群多样性和均匀度无显著差异,而在4-6日龄及20-21日龄时,3组喂养方式仔猪肠道菌群的丰富度具有显著差异,奶粉喂养组的丰富度高于母乳喂养组;4 3组喂养方式仔猪肠道菌群进行β多样性比较时,在各日龄段母乳喂养组与奶粉喂养组具有显著差异,而两种奶粉喂养组仔猪肠道菌群具有相似性;5按日龄对3组仔猪肠道菌群进行LEfSe分析,门水平:4-6日龄只有奶粉1喂养组有生物标记物,为拟杆菌门(Bacteroides),12日龄只有奶粉2喂养组有生物标记物,为放线菌门(Actinobacteria),20-21日龄只有母乳喂养组有生物标记物,为放线菌门(Actinobacteria);属水平:4-6日龄,母乳喂养组中有2个生物标记物,分别是梭杆菌属(Fusobacterium)和刺骨鱼菌属(Epulopiscium);奶粉1喂养组中是嗜胆菌属(Bilophila)和Parabacteroides;奶粉2喂养组中是真杆菌属(Eubacterium);12日龄,母乳喂养组的生物标记物有15个,其中贡献最大的是梭菌属(Clostridium),奶粉1喂养组的生物标记物有4个,贡献最大的为Faecalibacterium,奶粉2喂养组的生物标记物有4个,其中贡献最大的是Catenibacterium;20-21日龄,母乳喂养组共有12个生物标记物,其中贡献最大的是肠球菌属(Enterococcus),奶粉1喂养组共有6个生物标记物,其中贡献最大的是Catenibacterium,奶粉2喂养组共有9个生物标记物,贡献最大的是草酸杆菌属(Oxalobacter)。由此可以得出:1仔猪出生后4-6天内便有大量微生物定植,主要是兼性厌氧菌和专性厌氧菌,且专性厌氧菌的数量和种类多于兼性厌氧菌;随着日龄增加,肠道菌群多样性增加;2不同喂养方式对仔猪肠道菌群定植的影响主要体现在:(1)奶粉喂养组仔猪肠道微生物比母乳喂养仔猪肠道微生物丰富度高;而在均匀度及多样性方面没有显著差异;(2)3组仔猪肠道菌群在门水平上是相似的,在整个喂养阶段始终以拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门;(3)3组仔猪肠道菌群在属水平上是显著不同的;母乳喂养组在整个喂养阶段都以拟杆菌属(Bacteroides)为优势菌属,而奶粉喂养组个体差异较大。