自 1945 年第一篇人类自身抗原论文发表以来，有关人类自身抗原（autoantigen）的论文已发表超过12万篇。目前我们在1000多篇论文中发现了一些已被证明是健康人和不同疾病患者的重要调节剂或生物标志物。这些有关人类自身抗原的报告出现在分散的数千篇论文和文献中，因此建立一个能囊括所有已发表的自身抗原的数据库是有必要的。本研究使用文本挖掘结合手动筛选的方法构建了AAgAtlas数据库1.0。使用了“自身抗原”或“自身抗体”或其词汇变体的关键词从PubMed中提取了45830个自身抗原相关的基因和94313个句子，我们进一步将其提炼为25520篇摘要，43253个句子和3984个候选者。基于蛋白质组学的生物筛选后，筛选出了1126个基因作为人类自身抗原和1071个相关的人类疾病信息，用这些数据构建了一个人类自身抗原数据库，即AAgAtlas数据库1.0。本数据库为用户提供简单方便的，便于浏览的、可以删除 和 下 载 人 类 自 身 抗 原 及 相 关 疾 病 信 息 的 界 面 。 本 数 据 库 可 在http://biokb.ncpsb.org/aagatlas/自由访问。
　　自AAgAtlas数据库1.0发布以来的18个月内，用户对AAgAtlas 1.0数据库进行了17,658次访问，这表明我们的数据库为人类AAb/AAg研究领域提供了许多有价值的信息以及人性化的服务。但我们逐渐发现AAgAtlas数据库1.0并不完整，还有许多分散存在不同文献中的大量相关信息不能被检索到。因此，我们通过添加与翻译后修饰（PTM）相关的人类自身抗原大大扩展了AAgAtlas1.0数据库的信息，使至升级为AAgAtlas 数据库2.0，不但增加了自身抗原/抗体的数量，并且对网站进行了更新，使用户有更好的使用体验。
　　在此基础上，我们还采用了新的生物信息学方法，通过统计分析，可以搜索PubMed的全文，扫描补充信息，搜索微阵列数据库，包括OmicsDI，GEO，AAgMarker， ArrayExpress和PMD等。确定了与1,090种人类疾病相关的总共8,382个人类自身抗原和52个翻译后修饰自身抗原，包括了迄今为止最多的人类自身抗原数目。此外，我们开发了一个新的AAgAtlas 2.0数据库网站，允许用户查询人类自身抗原基因和疾病，并通过Expression Atlas和Reactome借助http://biokb.ncpsb.org分析人类自身抗原的基因表达和生物途径。
　　AAgAtlas 数据库2.0包含众多有关自身免疫病的自身抗原及疾病信息，但有关银屑病自身抗原的报道甚少，而银屑病是最常见的全身性炎症性疾病之一，影响全世界约2％至3％的人群和超过1.25亿患者，其发病机制目前尚不清楚，对其免疫复合物的筛选也少有报道。本研究采用自身配对设计，用protein A/G beads与血清及组织裂解液混合物进行孵育，免疫沉淀抗原抗体复合物，并用质谱鉴定。还对筛选过程中的部分关键参数进行了摸索和优化，确定了清洗次数为4次、组织裂解液与血清用量比为 1:3、沉淀物处理方法选用电泳法等为适宜条件，并建立了鉴定免疫复合物的筛选体系。接着利用建立的筛选体系测定银屑病病人样本，经质谱检测到的蛋白数共有474个蛋白，去除IgG后仍有361个蛋白。此前Monach PA等人报道过在测定类风湿关节炎(RA)中免疫复合物的研究中，检测到的蛋白数仅 43 个，而本实验建立的筛选体系为过去可鉴定自身抗原数目的8倍。由此可见，该筛选体系的建立是高效、可行的。