土地是国家的重要自然资源,也是农民最重要的财产。我国共有2.5亿农户和138万平方公里的耕地,人地矛盾比较突出。近年来,随着城镇化建设步伐的加快和农村经济改革的深化,土地权属纠纷和征地补偿纠纷正日趋增加,严重影响了我国社会稳定。目前,我国具有比较系统、完整的国有土地使用权、包括建设用地使用权、宅基地使用权在内的集体土地使用权登记制度,但是作为集体土地使用权的一种,关系到我国广大农民群众切身利益的土地承包经营权登记制度尚不健全。我国《民法通则》和《土地管理法》等法律都忽略了对此制度做出规定。因此,为后来制定以用途管制为基础的《土地登记规则》留下了“天窗”。虽然《农村土地承包法》和《物权法》颁布后将土地承包经营权作为不动产物权并对其含义、内容以及性质作了详细规定,使农民获得了长期稳定的土地使用权。但是,这些法律法规在制度设计和具体实施过程中仍然存在诸多弊端。如在法律层面,对土地承包经营权登记的制度建设不够完善。现行立法对各类土地所有权和使用权做出不同的规定。虽然土地承包经营权跟其它土地使用权一样都从土地所有权中分离出来的权利,但是现行法律并不认为它们属于同样性质的土地权利。因此,对这些权利的登记做出不同的规定,由此导致了土地承包经营权登记机关、登记效力以及登记程序的不统一,为土地权属纠纷的频发埋下了隐患。土地承包经营权瑕疵登记的救济机制不健全,发生纠纷时农民权益难以保护；在实践层面,由于登记人员的专业素质较低,没有受过专门的学习和培训,登记动员工作不到位、登记测量技术水平落后等原因,有些村干部和农民群众对土地承包经营权登记的意义和作用不太了解,导致登记薄上的信息不够全面,其内容与实际情况不符,土地承包经营权主体登记积极性不够高,登记成本巨大等一系列问题。随着我国第二、第三产业的快速发展,非农业就业领域的日益扩大,外出务工的农民数量不断增加,农村土地流转逐渐活跃,农民土地权利关系变得更加复杂。因此,对农村土地承包经营权进行确权登记,赋予农民长期稳定的土地权利,规范土地流转市场,确保国家粮食安全,维护当事人合法权益已成为国家的第一要务,也是市场经济的迫切要求。本文通过比较分析、规范分析、价值分析相结合的方法,以已有的不动产登记制度理论研究成果以及实践实施为参考,对我国土地承包经营权登记制度的基础理论、现状以及存在的问题进行了较为全面的分析,并试图在现有的立法框架下,探索出重构我国土地承包经营权登记制度的重要措施。全文共分四部分：第一部分从基础理论入手,对土地承包经营权登记的含义、性质以及土地承包经营权登记在私法上和公法上的意义进行界定。指出它在国家有效监管土地资源、规范土地流转市场、维护农民权益等方面的作用。第二部分阐述了土地承包经营权登记制度的现状。指出现行立法关于土地承包经营权登记的规定并对土地承包经营权登记实践进行了评析。第三部分论述土地承包经营权登记制度的缺陷。文章首先剖析了现行登记制度在法律层面的缺陷,阐明登记机关和登记效力不统一的原因。其次,文章详细介绍了登记制度在实践中存在的众多问题。第四部分是土地承包经营权登记制度的完善。文章从制度建设、政府行政管理和瑕疵登记救济机制等三个方面提出了几点建议。