2011年颁布的《公司法解释三》,首次将善意取得制度适用于有限责任公司的出资争议中。但是有限责任公司是法律的构造物,其内部机关有法定代表人、股东会、董事会、监事会,则在出资中,有限责任公司的善意应当依哪个机关的善意为准?非货币出资的方式多种多样,如何认定不同形式出资的转让价格?合理的转让价格又应当如何判断?司法实践中仍然存在争议。本文拟对上述问题进行分析。第一部分,首先,提出一则案例,然后对案例进行了简单分析,并提出笔者的问题。第二部分,首先,对设立中公司善意的认定进行了分析,其次,在有限责任公司增资过程中,根据出资人是否为公司股东进行了分别讨论,重点对股东人数为两人以上的有限责任公司且增资人为股东的情况进行了讨论,在此种情况下对法定代表人作为公司善意主体提出了质疑,并证明了董事会应当是有限责任公司善意认定的主体。第三部分,首先对非货币出资的评估作价进行了概述,而后依据出资形式的不同对非货币出资的转让价格的确定进行了分析,最后分析了转让价格和公司章程规定的价格之间的合理关系。