我国江河湖泊众多,且多数流经地域较广。随着工业化进程的推进和人口的持续增长,对水资源的需求不断攀升,导致流域生态系统承受的压力越来越大。流域是一个完整的自然单元,各要素间是紧密相连、不可分割的,但长期以来由行政分割的流域管理体制,使得流域面临种种治理困境,上下游间的生态补偿问题也愈发突出。流域生态补偿机制作为实现流域资源合理配置、利益共享的有效手段,已经在我国部分流域得以建立。但是不同的指导理论和不同的视角,会形成不同内容的流域生态补偿机制,进而在流域实践中发挥不同的治理效用。我国现有流域生态补偿机制的建立主要是立足于科层型、市场型和网络型三种不同的理论基础,形成了三种类型的流域生态补偿模式,并在实践中取得了一定的成效,亦暴露出不少问题。随着流域生态补偿实践的逐步深入,现行流域生态补偿模式的弊端不断显现。因此,寻求新的理论与探析视角、探索新的流域生态补偿机制成为完善流域治理的有效途径。本文的研究将科层型、市场型和网络型视角下的流域生态补偿机制与辽河流域、金华江流域和新安江流域的具体实践相结合,分析了三种流域生态补偿模式在实际运行中存在问题与弊端。通过对跨域治理理论的解读和所得启示,得出了本文的主要结论：跨域治理作为解决跨域公共问题的针对性理论,可以运用于流域生态补偿的实践,其崭新的视角与理论基础,将有效解决目前流域生态补偿中存在的部分问题,并基于对已有问题的分析提出了跨域治理视角下构建流域生态补偿机制的新思路：即在构建流域生态补偿机制的可持续行动基础的前提下,培育流域生态补偿的多元化利益共同体,进而建立整体性视角下的流域规划、跨流域电子信息平台,以及跨流域生态补偿的沟通协商机制。