从2012年年初开始部分交通运输企业试点营业税改征增值税(以下简称“营改增”),到2014年年初铁路运输业被纳入“营改增”的范围,两年的时间,交通运输业已经完全实现“营改增”。“营改增”给交通运输企业带来了巨大的考验。本文首先梳理了营业税和增值税在国外以及在中国的发展状况;对增值税和营业税在征税对象、计税依据、税率等方面进行了比较分析。梳理了从2009年到2014年我国总体税收、增值税和营业税的变化情况。分析了“营改增”对交通运输企业的财务报表可能造成的影响。本文选取了37家上市交通运输企业作为研究对象,以“营改增”前后的流转税及相关流转税附加税收负担率的升降情况来衡量企业税负增减情况。研究了样本公司“营改增”前三年以及“营改增”之后的流转税及相关流转税附加税收负担率的变化情况。研究发现,“营改增”使有的企业流转税及相关流转税附加税收负担率上升了,有些企业的流转税及相关流转税附加税收负担率有所下降。样本企业中“营改增”当年较“营改增”前一年的流转税及相关流转税附加税收负担率上升的企业有19家。从“营改增”前三年的流转税及相关流转税附加税收负担率的平均值和“营改增”之后的平均值相比,有20家企业的税收负担率平均值是下降的,但同时有17家企业的流转税及相关流转税附加税收负担率“营改增”后平均值上升了。综合分析发现,“营改增”后交通运输业整个行业的税负有所下降。具体到各个子行业,“营改增”后道路运输企业和航空运输企业以及铁路运输企业的税负都有所上升,水上运输企业税负有所下降。交通运输企业税负上升的主要原因是进项税额抵扣不足,进一步分析发现交通运输企业是进行“营改增”的首批企业,在某些成本项目中要取得增值税专用发票存在一定的困难,以及交通运输企业购入固定资产抵扣的税额较少。交通运输企业要更好地适应“营改增”,在人员管理及可抵扣进项税额的管理方面需要加强;要关注自身所在行业以及上下游企业所在行业税收政策的变化。