水疱性口炎病毒感染小鼠细胞的转录组分析

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水疱性口炎病毒(VSV)是弹状病毒科中典型的负链RNA病毒,由于其易于培养以及在人类中感染症状轻微的特性,常作为生物学研究中的模式工具。之前有研究表明VSV感染宿主细胞后,病毒的基质蛋白会干扰宿主细胞中新生mRNA的核质转运并阻止mRNA的出核。为了探究VSV感染后宿主细胞mRNA转录后加工的变化,以及这种变化对mRNA细胞定位的影响,我们设计了VSV感染小鼠细胞后的分细胞组分的实验,并对得到的RNA-seq数据进行了系统的分析。我们鉴定了VSV感染后小鼠细胞中的差异表达基因、发生可变剪接的基因以及发生可变多聚腺苷酸化的基因,并对这些基因集分别进行了生物学功能的富集分析。进一步,我们对VSV感染后小鼠细胞的核质组分和细胞质组分也进行了同样的分析,并比较了两种细胞组分中mRNA加工的差异,发现发生内含子保留事件或3’UTR缩短的mRNA在感染后期倾向于在核质组分中富集,说明mRNA转录后加工对其细胞定位有影响。这些结果比较完整地展示了VSV感染后小鼠细胞转录组的变化和VSV感染可能涉及的生物学过程和通路,也为进一步研究RNA亚细胞定位的调控机制提供了丰富的数据和理论依据。
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