曼氏无针乌贼SCD基因克隆与生物信息学分析

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硬脂酰辅酶A去饱和酶(stearoy-coenzymeAdesaturase,SCD)是脂肪酸去饱和化的关键酶,与作为体内能量重要来源和膜的重要组成成份的多不饱和脂肪酸(PUFA)共同维持膜流动性,并在脂肪酸代谢中起中心调节作用。本文以曼氏无针乌贼(Sepiell amaindroni)为实验材料,采用RT-PCR和RACE技术克隆了曼氏无针乌贼SCD cDNA的全序列,并通过各种生物信息学软件对SCD基因的核酸和蛋白质序列进行分析。结果表明:SCD序列全长为1513bp,由261bp的5′非翻译区和331bp的3′非翻译区及可编码306个氨基酸的921bp开放阅读框组成。通过NCBI中Blastn分析发现,曼氏无针乌贼SCD核酸序列与真蛸相似性达到76%;进一步以ClustalX软件将曼氏无针乌贼的SCD基因与其他已发现SCD基因进行比对,发现SCD与真蛸和长牡蛎相似性达到91%,说明SCD在软体动物中的结构相对保守,与其他非软体动物SCD氨基酸同源性比对也表现为50%以上的相似性,说明SCD分子在进化分类上比较古老,可能是由同一祖先进化而来。分析不同物种SCD基因的系统进化树可知,曼氏无针乌贼和真蛸及牡蛎进化关系最近,与鱼类稍远,与人及大鼠等哺乳动物亲缘关系最远。TMHMM Server v.2.0在线软件预测SCD基因含有四个跨膜区域,在第50-100和200-250氨基酸处各含有两个跨膜区,说明SCD蛋白为典型的跨膜蛋白质;SignalP4.0在线工具预测SCD前体蛋白不含有信号肽位点,通过PSORTⅡ软件推测目的蛋白最可能的功能区域为内质网;通过ProtParam、ProtScale和PredictProtein在线服务软件对SCD蛋白进行预测分析可知,其理论分子量为34922.4Da,理论等电点为8.95,其中丙氨酸和亮氨酸的含量较高,分别达到了7.5%和10.5%,该蛋白机型按极速成分明显高于非机械性氨基酸成分因而提示为碱性蛋白的可能性较大, etPhos分析SCD存在7个潜在的磷酸化位点;SCD含有丰富的螺旋结构,其中45.10%为螺旋,9.48%的延伸链和45.52%的无规则卷曲。曼氏无针乌贼SCD基因的成功克隆及相关分析,对于深入探讨软体动物脂肪酸代谢相关基因在生物体内作用机制及调控机理具有重要意义,进而在分子水平上为曼氏无针乌贼的良种培育及人工养殖提供科学依据。
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