药品监督管理系统的利益冲突是指药品药品监督管理系统公职人员个人自身具有的私人利益（或部门利益）与饮食用药公共利益之间的抵触、违背或侵害。药品药品监督管理系统存在三种类型的利益冲突：交易型、影响型和“旋转”型。具体表现为药品药品监督管理系统公职人员违背法定职责，包庇企业的违法行为及过错、帮助隐瞒违法事实，保护违法企业的生存利益和经济利益，放任其产品对社会的危害，从中获得私人利益。目前，药品药品监督管理系统的利益冲突制度主要包括国家总局实施的《食品药品监管工作人员八条禁令》、《廉政工作“五项制度”》、《食品药品监督管理工作人员任职回避和公务回避若干规定》，湖南省局编印的《廉洁从政手册》、制定的“三个严禁”、“四项社会承诺”、《规范权力运行制度汇编》等，这些制度旨在细化执法自由裁量权、规范了领导干部亲属从业行为等，大力推进依法从政、廉洁从政。但是仍然存在利益回避与禁止制度，个人收入申报制度，礼品处理制度、横向和纵向监督制度等方面存在不足。美国是防止利益冲突较早并且取得良好成效的国家，很多经验值得借鉴。很多制度在防止利益冲突上发挥了很好的作用，例如官员财产申报制度，申报内容包括劳动所得和投资收益、买卖交易、赠与和赔偿费、债务及受雇职位等；利益冲突处置制度，可以通过回避、免除责任、资产处理、合格的盲目与多样性委托防止利益冲突。美国食品药品管理局在处理药品审评专家的利益冲突、调控临床试验中研究者利益冲突出台了很多办法。针对我国目前相关制度体系的不足，借鉴美国经验建立防止利益冲突制度，规范权力运行，消除政策、制度和管理上的缺陷和漏洞，从源头上惩治和预防腐败问题。具体而言，就是建立药监系统公务人员从政规范、执法人员财产申报制度、工作人员资产处理制度、利益回避制度、公务礼品处理制度、新药专家评审利益制度。通过上述防止利益冲突系列制度的出台并抓好落实，我国食品药品监管系统廉洁从政的制度保障将得到有效加强，从而推动我国药品药品监督管理系统廉政法制建设。