高新技术企业是我国经济的主要支柱和推进经济增长的先驱。在我国调整优化产业结构的背景下,国家相继出台了众多的财税政策来扶持和促进高新技术企业的发展,减轻企业税收与资金负担,使该类企业有更多的资金投入到研发创新中,这给高新技术企业的发展带来了机遇。与此同时,在企业“高新资格”的审查过程中,科技部、财政部和国家税务总局的检查力度日益增强。许多地区逐渐开始对高新技术企业的高新资格实施现场检查,打破了之前只重“书面审核”,不看“企业实际”的惯例,有效排除那些为享受国家税收优惠和补贴政策而通过中介机构和审计机构“包装”数据和资料来申报国家高新技术企业的企业,规范高新行业,使政府对于科研创新的扶持能够真正落到实处,同时对于申请高新资格的企业来说,所需要具备的认定条件也更为严格,同时对于认定成功之后的后续管理也提出了更高的要求,因此需要企业重视高新资格的认定和复审以及后续管理工作,防止相关的税务风险发生。本文采用了案例分析法、文献研究法等多种方法来分析我国高新技术企业在税收风险及防控方面的问题。首先从理论上阐述现阶段高新技术企业存在的税务风险、企业对于税务风险的防控现状以及相关防控存在的问题,税务风险主要包括研发费用核算、高新资格复审以及税收优惠运用涉税风险,针对这些税务风险的防控主要存在税务风险管理环境薄弱、信息沟通机制不健全、高新资格后续管理不健全和研发活动管理不规范的问题;然后以广东省高新技术企业A公司为例,对于其存在的税务风险以及防控内容进行详细分析;最后,从企业、政府和中介机构三个主体的角度来分析完善税务风险防控的建议措施。企业方面首先可以通过整体的强化税务风险防控意识、成立相关的高新税务风险管理小组、建立高新风险预警机制来营造良好的税收风险管理环境,其次应建立与企业之间、税务机关之间以及内部部门之间有效的沟通交流协调机制,再者应该强化高新资格的后续管理,通过优化科技人员比例、高新技术收入核算体系、知识产权与核心技术的管理、以及税收优惠备案的后续管理、高新技术企业的检查应对来进行税务风险防控;最后通过规范研发项目管理制度、完善研发费用管理和保持对研发活动的全过程控制来加强研发活动管理。政府方面则可以通过加强税企交流、完善高新技术企业认定和管理办法、严格把控高新准入门槛和加强对中介机构的监管来帮助企业防范税务风险。中介机构则可以提高胜任能力、充分了解申报企业以及重点核对限制性指标来帮助企业防控税务风险。