杜仲（Eucommia ulmoides Oliv），为我国特有的名贵经济树种，广泛分布于我国的27省。目前野生杜仲资源已濒临灭绝，且绝大多数种质资源混杂不清，杜仲遗传背景尚不清楚。本研究开发了16对G-SSR引物，并结合已发表的10对EST-SSR引物，从分子水平上对31个杜仲群体的342份种质资源的遗传多样性、亲缘关系、分化程度及群体遗传结构等进行了系统研究，旨为杜仲种质资源保存、遗传改良及起源进化研究提供理论依据。以下为本文研究结果：1.从杜仲全基因组数据的序列中开发了16对具有多态性的杜仲G-SSR引物。在杜仲基因组数据的序列中，共查找出1~7重复单元的SSR位点及复合类型SSR位点共488,592个，平均1749bp出现1个微卫星；设计合成290对引物，筛选出16对扩增条带清晰、多态性高、且稳定性好的引物。2.通过26个杜仲SSR位点检测其遗传多样性。31个供试群体的26个SSR位点共检测到268个等位基因(na)，平均每一个位点扩增出10.3个等位基因；有效等位基因数(ne)为81.4个，平均每个位点为3.1个；观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及Nei’s的平均值分别为0.463、0.581和0.580；PIC值平均为0.548，根据PIC值的大小，将16对引物的有效性从小到大排序依次为：E19、E37、E29、EU29、EU69、EU96、EU108、GEU056、GEU052、E17、EU12、GEU239、GEU037、GEU289、DZ64、GEU053、GEU223、GEU155、GEU09、GEU271、GEU158、GEU026、GEU219、GEU191、GEU150、GEU045。3.杜仲群体遗传多样性研究：基于群体水平，31个群体的等位基因数(na)和有效等位基因数(ne)差异不显著，平均分别为3.980和2.575；基因丰度(AR)平均为3.200；通过对31个杜仲群体观察杂合度(Ho)及平均期望杂合度(He)的分析表明，平均分别为0.465和0.538；Hardy-weinberg检测表明，我国的29个杜仲群体均偏离哈迪-温伯格平衡，说明这些群体处于非平衡状态，其很大程度上受到了外界的干扰；通过对31个供试群体的遗传分化研究表明，92.61%的遗传分化发生在群体内。4.群体的遗传结构分析表明：杜仲种质资源杂合度高，绝对纯基因池稀缺，且群体间基因流动程度较高。仅有北京杜仲公园、清华大学、天津蓟县、河北安国、浙江杭州、湖南株洲群体以及日本两个群体的基因交流程度相对较低，其余群体基因交流程度均较高，表明我国杜仲群体的遗传结构较复杂。红色基因池和深蓝色基因池分布范围相对狭窄，红色基因池主要分布于浙江杭州群体，且相对纯合度高；深蓝色基因池主要分布于日本东京、岩手和湖北神农架三个群体；其余5种颜色主导的基因池相对广泛地分布于杜仲资源中。5.根据供试群体的遗传距离，聚类结果将31个供试群体分为6组；第一类是九连山群体，第二类是杭州群体，第三类是日本群体、第四类包括神农架、康县、略阳三个群体；第五类包括吉林集安、山西侯马；第六类为其余22个群体，表明杜仲种质资源间的遗传交流大，亲缘关系较近，且遗传多样性低。6.从个体水平上发掘出杜仲不同类型的纯合个体共58份及具有代表性的杂合个体，为杜仲杂交育种的开展提供理想的亲本。