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本研究于2005年从吉林地区疑似禽流感（AI）患病鹅体内分离到1株H5N1亚型高致病性禽流感病毒。应用分子生物学技术，对分离株的血凝素（HA）基因、神经氨酸酶（NA）基因进行了克隆与序列分析。 根据流行病学调查、临床症状及剖检变化，初步确诊此鹅患有高致病性禽流感。通过病毒分离、血清学试验、通用荧光RT-PCR试验确诊鹅体内存在禽流感病毒，亚型鉴定确定毒株亚型为H5N1。ELD50（鸡胚半数感染量）试验、ICPI（鸡脑内接种致病指数）试验、IVPI（鸡静脉接种致病指数）试验、耐热性试验、脂溶剂试验等一系列试验对毒株致病性和生物学特性研究，表明该鹅源禽流感分离毒株为高致病性禽流感病毒，对热、脂溶剂、酸均敏感。 以Genebank数据库中发表的H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因、神经氨酸酶（NA）基因的核苷酸序列为依据，应用引物设计软件Primer Primer5.0分别设计合成了两对特异性引物。提取该毒株总RNA，以RNA为模板，采用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增了血凝素（HA）基因cDNA、神经氨酸酶（NA）基因cDNA，分别克隆到PMD18-T载体。通过对重组质粒的酶切鉴定及核苷酸序列测定，表明成功克隆了该H5N1亚型AIV毒株的HA全基因、NA全基因。HA基因开放阅读框（ORF）全长为1707bp，编码569个氨基酸。在HA肽链上有7个潜在的糖基化位点，分别位于HA1上的10、11、23、165、286位和HA2上的154、214位。HA1和HA2裂解位点处都有6个连续碱性氨基酸的插入序列（-R-R-R-K-K-R-），其分子基础与高致病性禽流感一致。NA基因开放阅读框（ORF）全长为1350bp，编码450个氨基酸。在NA肽链上有3个潜在的糖基化位点，分别位于68、126、215位。 运用DNAStar软件中的序列分析软件MegAlign，将基因片段与来自世界不同地区、不同宿主其它参考毒株进行核苷酸序列比较及系统发育分析，结果表明：该分离株与1996～2005年不同地区、不同宿主具有代表性的31株H5N1亚型毒株的HA、NA基因进行同源性比较。分离株HA基因与不同地区的31株H5N1亚型流感病毒核苷酸同源率为96.1％～98.4％、氨基酸同源率为95.3％～97.7％。分离毒株NA基因与不同地区的31株H5N1亚型流感病毒核苷酸同源率为86.1％～98.4％、氨基酸同源率为90.0％～98.4％。