非小细胞肺癌的关键预后基因的综合分析

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研究目的:在所有人类癌症中,肺癌是与癌症相关的死亡率最高的原因,五年生存率仅为23%。目前,非小细胞肺癌(NSCLC)的致病分子机制仍未知。这项研究的目的是鉴定和验证具有非小细胞肺预后价值的关键预后基因。研究方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载包含腺癌患者(LUAD)以及鳞癌患者(LUSC)的四个 GEO 数据集(GSE18842,GSE33532,GSE62113,和GSE747068)的测序数据。筛选出数据集中的肿瘤组织和正常组织之间的显著差异表达基因(DEG),随后对差异表达基因进行功能富集分析。使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape软件进行可视化,并使用分子复合物检测(MCODE)进行PPI网络分析选择有意义的差异表达基因。从CytoHubba软件中筛选出的关键预后基因,并且使用多种数据数据库进行了外部验证,关键基因的表达和预后价值通过多种数据库(基因表达谱分析(GEPIA)、Ocnomine数据库,cBioportal数据库和Kaplan-Meier绘图仪)进行验证。最后,使用定量PCR验证关键基因在肺癌细胞和正常肺上皮细胞中的差异表达。结果:从四个数据集中总共鉴定出121个差异表达基因。此外,我们建立了具有121个节点和588个蛋白质对的PPI网络。功能富集分析显示上调的差异表达基因的三个主要途径是P53信号传导途径,细胞周期和细胞衰老。同样,下调的差异表达基因在ECM-受体相互作用,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号传导途径等聚集。最后,通过Cytohubba筛选出了关键预后基因AURKA、CDC20、CHEK1、KIAA0101、MKI67、HJURP 和 OIP5,它们均与 NSCLC 中较差的总体生存率(OS)相关。并且我们验证了这七个关键预后基因存在显著的表达差异。结论及意义:1.AURKA、CDC20、CHEK1、KIAA0101、MKI67、HJURP 和 OIP5 可能是非小细胞肺癌的发生和预后的关键基因。2.本研究初步探索了非小细胞肺癌的潜在分子作用机制,通过多种数据库进行了外部验证,并最终在细胞系样本中进行了初步表达验证。总之,我们挖掘的非小细胞肺癌的关键基因,不仅在临床上具有可靠的预测患者预后的作用,还可以作为未来非小细胞肺癌的分子机制以及分子靶向药物的研究方向。
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